Localizada na Baixada Fluminense, na Região Metropolitana do Rio de Janeiro, a cidade de São João de Meriti já foi conhecida por outros dois nomes: São João Batista de Trairaponga e São João Batista de Meriti. O território que forma hoje a cidade era banhado pelos Rios Miriti e Sarapuí, que tiveram suas origens em uma sesmaria doada a Brás Cubas.
Ao lado das muitas fazendas existentes, os rios Miriti e Sarapuí eram as principais vias de transporte das mercadorias que eram produzidas. Em suas margens haviam 14 portos, todos com um grande serviço de canoagem. Nessa época, a região era um importante produtor de milho, mandioca, feijão e açúcar. Esses produtos eram levados aos portos do Rio de Janeiro para serem consumidos e exportados para a Europa.
Em 1833, o povoado de Iguassú é elevado à categoria de Vila e a Freguesia de São João Batista de Meriti passou a integrar aquela jurisdição como seu 4º Distrito. Em 1875, teve início a construção da Igreja de São João Batista de Meriti, no local onde hoje ainda se encontra. Vale mencionar, que nesse período, a presença das capelas e igrejas numa determinada região, demonstrava a importância que aquele território representava perante o poder secular e o poder eclesiástico.
Devido a dificuldade de se encontrar mão-de-obra disponível, as grandes fazendas vão sendo fracionadas em sítios e chácaras fazendo surgir na região uma grande quantidade de pequenos proprietários, que acabaram por desenvolver atividades da fruticultura e hortigranjeiros para abastecer a cidade do Rio de Janeiro.
As terras que conhecemos hoje como São João de Meriti, cortadas pelo Rio Sarapuí, Rio Miriti e Rio Pavuna, eram conhecidas antes como Freguesia de Meriti. A vila de São João de Meriti fazia parte da vila de Maxabomba, atual Nova Iguaçu.

Distrito criado com a denominação de Meriti, de 26-02-1647 e pelos Decretos Estaduais n.ºs 1, de 08-05-1892 e 1-A, de 03-06-1892, no município de Iguaçu.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1911, figura no município de Iguassu o distrito de Meriti, transferido para sede da Pavuna, pela Lei Estadual n.º 1.634, de 18-02-1919.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1933, figura no município de Iguassu o distrito de Meriti com sede no Arraial da Pavuna.
Em divisões territoriais datadas de 31-XII-1936 e 31-XII-1937, o distrito se denomina Meriti e figura no município de Iguaçu.
Pelo decreto-lei Estadual n.º 1.055, de 31-12-1943, transfere o distrito de Meriti de município Nova Iguaçu para o de Duque de Caxias.
Elevado a categoria de município com a denominação de São João de Meriti, por Ato das disposições constitucionais transitórias deste estado, promulgado em 20-06-1947, desmembrado de Duque de Caxias. Constituído de 3 distritos São João de Meriti, Coelho da Rocha e São Mateus. Os distritos foram criados pela mesma lei que criou o município. Instalado em 22-08- 1947.
Elevado à condição de cidade com a denominação de São João de Meriti, pela Lei Estadual n.º 6, de 11-08-1947.
Em divisão territorial datada de I-VII-1955, o município de São João de Meriti é constituído de 3 distritos: São João de Meriti, Coelho da Rocha e São Mateus.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de I-VII-1960.
Em Síntese de 31-XII-1994, o município é constituído de 3 distritos: São João de Meriti, Coelho da Rocha e São Mateus.
Assim permanecendo em divisão territorial daatada de 2007.