Em busca de esmeraldas, a bandeira de Fernão Dias Pais Leme foi, no ano de 1674, forçada a passar a estação chuvosa na Serra Negra, onde fundou o primitivo arraial das Minas Gerais – Ibituruna, distante doze léguas da atual cidade de São João Del Rei, a cujo município pertenceu até 1922. Os cascalhos auríferos da bacia do rio das Mortes, que “assoalhavam o caminho trilhado pelos bandeirantes”, denunciaram os grandes depósitos de ouro da região. Os primeiros povoadores de São João Del Rei foram os paulistas.
Em fins do século XVII, Tomé Portes Del Rei, procedente de Taubaté, fixou-se às margens do rio da Mortes, localidade a que chamavam, por ser passagem de todas as embarcações, do “Porto Real , e teve início o primeiro arraial. Em 1702, porém, falecia Tomé Portes Del Rei, a quem, desde 1701, havia sido conferido o direito de cobrança de passagem no rio das Mortes. Sucedeu-o seu genro Antônio Garcia da Cunha. Até 1703, a importância do povoado decorria de sua situação como ponto de ligação com os Sertões do Caeté e a região das minas do Carmo, Ouro Preto e Sabará. De 1703 a 1704, o português Manuel João de Barcelos descobriu, nas fraldas dos montes, ricas manchas de ouro e os paulistas Pedro do Rosário e Lourenço da Costa iniciaram ali os trabalhos de faiscação. Forasteiros e aventureiros começaram a afluir para o local. E nas encostas das serras, atualmente denominado Morro da Forca, erigiram os paulistas a primeira igreja, consagrada à Nossa Senhora do Pilar. Assim, por sua posição geográfica e pela sua riqueza aurífera, surgiu o arraial do Rio das Mortes.
Na guerra entre os paulistas e emboabas, ainda no início do século XVIII, foi o arraial do Rio das Mortes fortemente abalado com a morte e o afastamento dos paulistas, aos quais foram usurpadas as minas. Apesar dessas lutas e disputas, a povoação continuou a prosperar. Em 8 de julho de 1713, foi criada a vila, que recebeu, em homenagem a D. João V e Tomé Portes Del Rei, o nome de São João Del Rei.

Elevado à categoria de município com a denominação de São João Del Rei pelo Governador D. Braz Balthazar da Silveira em 08-12-11713. Segundo outra fonte, a criação do município ter-se-ia verificado em 08-07-1713, desmembrado da antiga vila Rica (depois Ouro Preto). Sede no antigo Arraial do Rio das Mortes. Instalado em 08-12-1713.
Elevado à condição de cidade com a denominação de São João Del Rei, pela Lei Provincial n.º 93, de 06-03-1838.
Pelo Decreto de 14-07-1832 e por Lei Estadual n.º 2, de 14-09-1891, são criados os distritos de Cajuru e Nossa Senhora da Conceição da Barra e anexados ao município de São João Del Rei.
Pela Lei Provincial n.º 471, de 01-06-1850, e pela Lei Estadual n.º 2, de 14-09-1891, é criado o distrito de Nazaré e anexado do município de São João Del Rei.
Pela Lei Provincial n.º 669, de 28-04-1854, e pela Lei Estadual n.º 2, de 14-09-1891, é criado o distrito de Santa Rita do Rio Abaixo e anexado do município de São João Del Rei.
Pela Lei Provincial n.º 2.150, de 30-10-1875, e pela Lei Estadual n.º 2, de 14-09-1891, é criado o distrito de São Gonçalo do Ibituruna e anexado ao município de São João Del Rei.
Pela Lei Provincial n.º 2.281, de 10-07-1876, e pela Lei Estadual n.º 2, de 14-09-1891, é criado o distrito de Rio das Mortes e anexado ao município de São João Del Rei.
Pela Lei Provincial n.º 3.199, de 23-09-1884, e pela Lei Estadual n.º 2, de 14-09-1891, é criado o distrito de São Francisco do Onça e anexado ao município de São João Del Rei.
Pela Lei Municipal n.º 70, de 15-01-1900, é criado o distrito de Vitória e anexado ao município de São João Del Rei.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1911 o município é constituído de 9 distritos: São João Del Rei, Cajuru, Conceição da Barra, Ibituruna, Nazaré, Rio das Mortes, Santa Rita do Rio Abaixo, São Francisco do Onça e Vitória.
Nos quadros de apuração do Recenseamento Geral de 1-IX-1920 o município aparece constituído de 9 distritos: São João Del Rei, São Gonçalo do Ibituruna, Nazaré, Rio das Mortes, Nossa Senhora da Conceição da Barra, Santa Rita do Rio Abaixo, São Francisco do Onça, São Miguel do Cajuru e São Sebastião da Vitória.
Pela Lei Estadual n.º 843, de 07-09-1923, é criado o distrito de Caburu e anexado ao município de São João Del Rei. A mesma Lei Estadual altera a denominação toponímica dos distritos de: São Gonçalo do Ibituruna para Ibituruna; Nossa Senhora da Conceição da Barra para Conceição da Barra; Santa Rita do Rio Abaixo para Ibitutinga; e São Francisco do Onça para São Francisco de Assis do Caburu. O distrito de Ibituruna deixa de pertencer ao município de São João Del Rei para ser anexado ao município de Bom Sucesso.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1933 o município é constituído de 9 distritos: São João Del Rei, Caburu, Conceição da Barra, Ibitutinga, Nossa Senhora de Nazaré,
Santo Antônio do Rio das Mortes, São Francisco de Assis do Caburu, São Miguel e São Sebastião da Vitória. Assim permanecendo em divisões territoriais datada de 31-XII-1936 e 31-XII-1937.
O Decreto-lei Estadual n.º 148, de 17-12-1938, altera a denominação toponímica dos distritos de: Ibitutinga para Santa Rita do Rio Abaixo; Nossa Senhora de Nazaré para Nazaré; Santo Antônio do Rio das Mortes para Rio das Mortes; e São Francisco do Onça para Onças.
No quadro fixado para vigorar no período de 1939 a 1943, o município é constituído de distritos: São João Del Rei, Caburu, Conceição da Barra, Nazaré, Onça, Rio das Mortes, Santa Rita do Rio Abaixo, São Miguel e São Sebastião da Vitória.
O Decreto-lei Estadual n.º 1.058, de 31-12-1943, altera a denominação dos distritos de: Conceição da Barra para Cassiterita; Nazaré para Nazareno e o distrito de Onça para Emboabas.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1950 o município é constituído de 8 distritos: São João Del Rei, Arcângelo, Caburu, Cassiterita, Emboabas, Nazareno, Rio das Mortes, Santana do Rio Abaixo e São Sebastião da Vitória.
A Lei Estadual n.º 1.039, de 12-12-1953, desmembra do município de São João Del Rei o distrito de Nazareno, elevado à categoria de município.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1960 o município é constituído de 8 distritos: São João Del Rei, Arcângelo, Caburu, Cassiterita, Emboabas, Rio das Mortes, Santa Rita do Rio Abaixo, São Sebastião da Vitória.
A Lei Estadual n.º 2.764, de 30-12-1962, desmembra do município de São Del Rei o distrito de Cassiterita, elevado à categoria de município, e o distrito de Santa Rita do Rio Abaixo, elevado à categoria de município com a denominação de Ritápolis.
Em divisão territorial datada de 31-VII-1963 o município é constituído de 6 distritos: São João Del Rei, Arcângelo, Caburu, Emboabas, Rio das Mortes e São Sebastião da Vitória. Assim permanecendo em divisão territorial datada de 1988.
Pela Lei Municipal n.º 2.750, de 11-11-1991, o distrito de Caburu passou a denominar-se São Gonçalo do Amarante.
Em divisão territorial datada de 2003, o município é constituído de São João Del Rei, Arcângelo, São Gonçalo do Amarante, Emboabas, Rio das Mortes e São Sebastião da Vitória.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2014.