Os primeiros desbravadores dos sertões do sul do Estado, entre os quais aparece Domingos Afonso Mafrense, deram origem ao desenvolvimento da zona onde se localiza o município.
Fundaram ali as diversas fazendas e iniciados os trabalhos de lavoura, com o plantio especialmente de milho, feijão e mandioca, as fazendas tiveram acentuado desenvolvimento, passando mais tarde, por doação, ao colégio dos Jesuítas, na Bahia.
Novos exploradores, com a notícia das naturais riquezas dessa zona, chegaram em outras partes a pouca distância dos locais já ocupados, formando núcleos, internando-se pelas matas, construindo habitações nos lugares de aguadas permanentes, desenvolvendo a criação de gados de toda espécie, ampliando os trabalhos de lavoura e, por esse motivo, chamando para si o domínio direto da área ocupada, que delimitavam com toras de madeira ou blocos de pedra. E assim, no lugar denominado Malhada do Jatobá, os povoadores levaram a efeito o plano de construção de uma capela, para, como templo sagrado, atender às necessidades espirituais dos habitantes da região.

Distrito criado com a denominação de São João do Piauí, pela Lei Provincial n.º 335, de 09-08-1853 subordinado ao município de São Raimundo do Nonato.
Elevado à categoria de vila com denominação de São João de Piauí, pela Lei Provincial n.º 749, de 26-08-1871. Constituído do distrito sede. Instalado em 17-03-1872.
Pela Lei Estadual n.º 97, de 25-06-1896, a vila é extinta, sendo seu território anexado ao município de São Raimundo Nonato.
Pela Lei Estadual n.º 130, de 05-07-1897, a vila é recriada e subordinada ao município de São Raimundo Nonato.
Elevada à condição de cidade e sede do município com a denominação de São João do Piauí, pela Lei Estadual n.º 414, de 05-07-1906.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1911, o município é constituído do distrito sede.
Pela Lei Estadual n.º 837, de 07-07-1915, é criado o distrito de Canto do Buriti e anexado ao município de São João do Piauí.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1933, o município é constituído de 2 distritos: São João do Piauí e Canto do Buriti.
Pelo Decreto-lei Estadual n.º 1.575, de 17-08-1934, é desmembrado do município de São João do Piauí o distrito de Canto do Buriti. Elevado à categoria de município.
Pela Lei Municipal n.º 164, de 28-01-1955, é criado o distrito de Curral Novo e anexado ao município de São João do Piauí.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1960, o município é constituído de 2 distritos: São João do Piauí e Curral Novo.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 1-VII-1983.
Pela Lei Estadual n.º 4.206, de 07-06-1988, é desmembrado do município de São João do Piauí o distrito de Dom Inocêncio (ex-Curral Novo). Elevado à categoria de município.
Em divisão territorial datada de 1993, o município é constituído do distrito sede.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2021.