O local onde hoje está São Joaquim da Barra, era pouso habitual de viajantes e tropeiros no percurso entre Ipuã e Nuporanga, região conhecida como “Capão do Meio’’.
Alguns moradores, entre os quais Manoel Gouveia de Lima, João Batista da Silveira e Francisco de Lima, organizaram uma comissão para angariar fundos e adquirir algumas glebas de terras, para constituir patrimônio de uma povoação. Em 1895, José Esteves de Lima arrematou, em hasta pública, na comarca de Nuporanga, uma área situada na fazenda São Joaquim. Em 1898, José Esteves e sua mulher Dona Maria Theodora da Conceição assinaram a escritura de doação da mesma área, para formação do patrimônio. A povoação começou com a construção da primeira casa de comércio, feita por Manoel Damásio Ribeiro, em 1896, na estrada que ligava Batatais e Nuporanga a Ipuã.
A primeira capela foi construída em 1901, tendo como orago São Joaquim.
A antiga gleba onde se fundou a cidade-Fazenda São Joaquim, deu origem ao topônimo.
O Distrito de Paz de São Joaquim foi criado em 1902, no Município de Nuporanga, que em 1909, passou a denominar-se Orlândia.
Em 1944, por força de Lei Federal que não permitia a existência de localidades com a mesma denominação, passou a chamar-se São Joaquim da Barra, aposto originado do córrego mais importante do Município, córrego da Barra, afluente do Rio Sapucaí.

Distrito criado com a denominação de São Joaquim, pela Lei Estadual n.º 859, de 06-12-1902, subordinado ao município de Orlândia.
Em divisão administrativa do Brasil referente ao ano de 1911, o distrito de São Joaquim figura no município de Orlândia.
Elevado à categoria de município com a denominação de São Joaquim, pela Lei Estadual n.º 1.588, de 26-12-1917, é desmembrado do município de Orlândia. Sede no antigo distrito de São Joaquim. Constituído do distrito sede. Instalado em 10-04-1918.
Nos quadros de apuração do Recenseamento Geral de 1-IX-1920, o município é constituído do distrito sede.
Pela Lei Estadual n.º 2.256, de 31-12-1927, São Joaquim adquiriu do município de Orlândia o distrito de Olhos d’Água.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1933, o município é constituído de 2 distritos: São Joaquim e Olhos d’Água.
Em divisões territoriais datadas de 31-XII-1936 e 31-XII-1937, o município é constituído de 2 distritos: São Joaquim e Olhos D’Água.
Pelo Decreto-lei Estadual n.º 14.334, de 30-11-1944, o distrito Olho d’Água passou a denominar-se Ipuã. O Decreto-lei citado altera a denominação do município de São Joaquim para São Joaquim da Barra.
No quadro fixado para vigorar no período de 1944-1948, o município de São Joaquim da Barra (ex-São Joaquim) e Ipuã (ex-Olhos d’Água).
Pela Lei Estadual n.º 233, de 24-12-1948, é desmembrado do município de São Joaquim da Barra o distrito de Ipuã. Elevado à categoria de município.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1960, o município é constituído do distrito sede.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2020.