O atual município foi primitivamente aldeia dos índios gamelas, localizada nas terras dos religiosos da Companhia de Jesus. Terras estas concedidas por datas e sesmarias pelo então governador do Maranhão, Francisco Coelho de Carvalho, em 16 de dezembro de 1627.
Pelo Alvará de 7 de junho de 1755 foi restituída aos índios a liberdade de pessoa e adjudicadas terras para a subsistência dos silvícolas e para a fixação de 200 casais no local.
O início da vida política se deu em 1757, com a elevação da aldeia à categoria de lugar.
Em 1896, a localidade já possuía 19 casas cobertas de telhas e algumas de palha em torno da igreja.
Passou a município com a denominação de Ribamar em 1913. Foi, por várias vezes, extinto e restaurado até que, em 1952, foi restabelecido definitivamente. Em 1969, sua denominação passou para São José de Ribamar, em homenagem ao padroeiro do município.

Elevado à categoria de vila com a denominação de São José de Ribamar, pela Lei Estadual n.º 636, de 11-03-1913, sendo desmembrado de São Luís.
Nos quadros de apuração do Recenseamento Geral de 1-IX-1920, o município é constituído do distrito sede.
Em divisões territoriais datadas de 31-XII-1936 e 31-XII-1387, São José de Ribamar figura como distrito do município de São Luís, não figurando em divisão administrativa referente ao ano de 1933.
Pelo Decreto-lei Estadual n.º 159, de 06-12-1938, o distrito de São José de Ribamar adquiriu o território do extinto distrito de Paço do Lumiar do município de São Luís.
No quadro fixado para vigorar no período de 1939 a 1943, o distrito de São José de Ribamar figura no município de São Luís.
Elevado à categoria de município com a denominação de Ribamar pelo Decreto-lei Estadual n.º 820, de 30-12-1943, sendo desmembrado de São Luís. Com sede no atual distrito de Ribamar e constituído do distrito sede.
Por ato das disposições constitucionais transitórias do Estado do Maranhão, promulgado em 28-07-1948, é extinto o município de Ribamar, sendo seu território anexado ao município de São Luís, como simples distrito.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1950, o distrito de Ribamar figura no município de São Luís.
Elevado novamente à categoria de município com a denominação de Ribamar,pela Lei Estadual n.º 758, de 24-09-1952, sendo desmembrado de São Luís. Tendo como sede o distrito de Ribamar e constituído de 3 distritos: Ribamar, Mata e Vila Paço.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1955, o município é constituído de 3 distritos: Ribamar, Mata e Vila Paço.
Pela Lei Estadual n.º 1890, de 07-12-1959, é desmembrado do município de Ribamar o distrito de Vila Paço, elevado à categoria de município com a denominação de Paço do Lumiar.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1960, o município é constituído de 2 distritos: Ribamar e Mata.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 31-XII-963.
Pela Lei Estadual n.º 2.980, de 16-09-1969, o município de Ribamar voltou a denominar-se São José de Ribamar.
Em divisão territorial datada de 1-I-1979, o município já denominado São José de Ribamar é constituído de 2 distritos: São José de Ribamar e Mata.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2014.