Desbravamento e ocupação do solo do sertão brasileiro. Assim começa a história de São José do Rio Preto, quando, a partir de 1840, mineiros fixaram-se aqui e deram início à exploração agrícola e à criação de animais domésticos.
Em 1852, Luiz Antônio da Silveira doou parte de suas terras ao seu santo protetor, São José, para que o patrimônio desse origem a uma cidade. Em 19 de março daquele ano, considerado o dia da fundação da cidade, João Bernardino de Seixas Ribeiro, que já havia construído uma casa de sapé nas terras do patrimônio, liderou os moradores da vizinhança para erguer um cruzeiro de madeira e edificar uma pequena capela.
A lei n° 294, de 19 de julho de 1894, desmembrou São José do Rio Preto de Jaboticabal e a transformou em município. Era um imenso território, limitado pelos rios Paraná, Grande, Tietê e Turvo, com mais de 26 mil km2 de superfície. Neste mesmo ano, foi nomeado o primeiro intendente.
A origem do nome do município vem da junção do padroeiro da cidade — São José — e do rio que corta o município, o Rio Preto. A partir de 1906, a cidade teve seu nome reduzido para Rio Preto. Somente em 1945, foi retomado o nome original de São José do Rio Preto.
Com a chegada da Estrada de Ferro Araraquarense (EFA), em 1912, a cidade assumiu uma importante posição de pólo comercial de concentração de mercadorias produzidas no então conhecido 'Sertão de Avanhandava' e de irradiação de materiais vindos da capital.

Distrito criado com denominação de São José do Rio Preto, pela Lei Provincial n.º 4, de 21-03- 1879.
Elevado à categoria de município com denominação de São José do Rio Preto, pela Lei Estadual n.º 294, de 19-07-1894, desmembrado do município de Jaboticabal. Sede na antiga povoação de São José do Rio Preto. Constituído do distrito sede.
Pela Lei Estadual n.º 992, de 01-08-1906, é criado o distrito de Tanabi e anexado ao município de São José do Rio Preto.
Pela Lei Estadual n.º 996, de 14-08-1906, é criado o distrito de Ibirá e anexado ao município de São José do Rio Preto.
Pela Lei Estadual n.º 1.021, de 06-11-1906, o município de São José do Rio Preto passou a denominar-se Rio Preto.
Pela Lei Estadual n.º 1.072, de 21-08-1907, é criado o distrito de Avanhandava e anexado ao município de Rio Preto.
Pela Lei Estadual n.º 1.135, de 19-10-1908, é criado o distrito de Itapirema e anexado ao município de Rio Preto.
Pela Lei Estadual n.º 1.171, de 21-10-1909, é criado o distrito de Miguel Calmon e anexado ao município de Rio Preto.
Pela Lei Estadual n.º 1.174, de 29-10-1909, é criado o distrito de Itapura e anexado ao município de Rio Preto.
Pela Lei Estadual n.º 1.188, de 16-12-1909, é criado o distrito de Vila Adolfo e anexado ao município de Rio Preto.
Pela Lei Estadual n.º 1.255, de 16-12-1910, o distrito de Miguel Calmon foi transferido do município de Rio Preto para o de Bauru.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1911, o município de Rio Preto (ex-São José do Rio Preto) é constituído de 7 distritos: Rio Preto, Avanhandava, Ibirá, Itapirema, Itapurá, Tanabi e Vila Adolfo.
Pela Lei Estadual n.º 1.405, de 26-12-1913, é criado o distrito de Inácio Uchoa e anexado ao município.
Pela Lei Estadual n.º 1.415, de 07-07-1914, é criado o distrito de Cerradão e anexado ao município de Rio Preto.
Pela Lei Estadual n.º 1.438, de 18-12-1914, é criado o distrito de Monte Aprazível e anexado ao município de Rio Preto.
Pela Lei Estadual n.º 1.446, de 28-12-1914, o distrito de Avanhandava passou a chamar-se São Jerônimo.
Pela Lei Estadual n.º 1.561, de 30-10-1917, é criado o distrito de Nova Granada e anexado ao município de Rio Preto.
Pela Lei Estadual n.º 1.564, de 14-11-1917, desmembra do município de Rio Preto o distrito de Vila Adolfo. Elevado à categoria de município coma denominação de Catanduva.
Pela Lei Estadual n.º 1.664, de 27-11-1919, é criado o distrito de Cedral e anexado ao município de Rio Preto.
Pela Lei Estadual n.º 1.667, de 27-11-1919, é criado o distrito de Mirassol e anexado ao município de Rio Preto.
Pela Lei Estadual n.º 1.676, de 10-12-1919, é criado o distrito de Potirendaba e anexado ao município de Rio Preto.
Nos quadros de apuração de recenseamento geral de 1-IX-1920, o município é constituído de 13 distritos: Rio Preto, Cedral, Cerradão, Ibirá, Inácio Uchoa, Itapirema, Itapurã, Mirassol, Monte Aprazível, Nova Granada, Potirendaba, São Jerônimo (ex-Avanhandava) e Tanabi.
Pela Lei Estadual n.º 1.817, de 12-12-1921, é desmembrado do município Rio Preto o distrito de Ibirá.
Pela Lei Estadual n.º 2.214, de 28-11-1922, é criado o distrito de Engenheiro Schmidt e anexado ao município de Rio Preto.
Pela Lei Estadual n.º 1.982, 22-10-1924, o distrito de Cerradão passou a chamar-se José Bonifácio.
Pela Lei Estadual n.º 2.007, de 28-12-1924, é desmembrado do município de Rio Preto o distrito de Mirassol.
Pela Lei Estadual n.º 2.008, de 23-12-1924, são desmembrados do município de Rio Preto os distritos de Monte Aprazível, Cerradão e Novo Oriente (ex-Itapurá), para formar o novo município de Monte Aprazível.
Pela Lei Estadual n.º 2.009, de 23-12-1924, é desmembrado do município de Rio Preto o distrito de Tanabi.
Pela Lei Estadual n.º 2.090, de 19-12-1925, é desmembrado do município de Rio Preto o distrito de Nova Granada.
Pela Lei Estadual n.º 2.098, de 26-12-1925, é desmembrado do município de Rio Preto o distrito de Potirendaba. Elevado à categoria de município.
Pela Lei Estadual n.º 2.102, de 29-12-1925, o distrito de São Jerônimo foi transferido do município de Rio Preto para o município de Monte Aprazível.
Pela Lei Estadual n.º 2.117, de 30-12-1925, é desmembrado do município de Rio Preto o distrito de Uchôa (ex-Inácio Uchôa).
Pela Lei Estadual n.º 2.171-A, de 28-12-1926, é criado o distrito de Borboleta e anexado ao município de Rio Preto.
Pela Lei Estadual n.º 2.174, de 28-12-1926, é criado o distrito de Nova Aliança e anexado ao município de Rio Preto.
Pela Lei Estadual n.º 2.215, de 28-11-1927, é criado o distrito de Ribeirão Claro e anexado ao município de Rio Preto.
Pela Lei Estadual n.º 2.218, de 07-12-1927, é criado o distrito de Ipiguá e anexado ao município de Rio Preto.
Pela Lei Estadual n.º 2.399, de 27-12-1929, é desmembrado do município de Rio Preto o distrito de Cedral. Elevado à categoria de município.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1933, o município de Rio Preto é constituído de 7 distritos: Rio Preto, Borboleta, Engenheiro Schmidt, Ipiguá, Itapirema, Nova Aliança e Ribeirão Claro.
Em divisões territoriais datadas de 31-XII-1936 e 31-XII-1937, o município aparece constituído de 9 distritos: Rio Preto, Boa Vista, Borboleta, Engenheiro Schmidt, Ipiguá, Itapirema, Nova Aliança, Ribeirão Claro e Vila Mendonça.
Pelo Decreto Estadual n.º 9.775, de 30-11-1938, o distrito de Vila Mendonça passou a denominar-se Mendonça e o distrito de Itapirema a chamar-se Nova Itapirema.
No quadro fixado para vigorar no período de 1939-1943, o município é constituído de 9 distritos: Rio Preto, Boa Vista, Borboleta, Engenheiro Schmidt, Ipiguá, Mendonça (ex-Vila Mendonça), Nova Itapirema (ex-Itapirema), Nova Aliança e Ribeirão Claro.
Pelo Decreto-lei Estadual n.º 14.334, de 30-11-1944, o nome do município de Rio Preto e o distrito passaram a denominar-se respectivamente São José do Rio Preto e Guapiaçu. O Decreto-lei também desmembra de São José do Rio Preto os distritos de Nova Aliança, Mendonça e Nova Itapirema, para constituir o novo município de Nova Aliança. Criou também o distrito de Talhado, anexando-o ao município de São José do Rio Preto.
No quadro fixado para vigoras no período de 1944-1948, o município é constituído de 6 distritos: São José do Rio Preto, Borboleta, Engenheiro Schmidt, Guapiaçu, Ipiguá e Talhado. O distrito de Boa Vista aparece como zona do município de São José do Rio Preto.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 1-VII-1950.
Pela Lei Estadual n.º 2.456, de 30-12-1953, é desmembrado do município de São José do Rio Preto o distrito Guapiaçu. Elevado à categoria de município.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1960, o município é constituído é constituído de 4 distritos: São José do Rio Preto, Engenheiro Schmidt, Ipiguá e Talhado.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 1991.
Pela Lei Estadual n.º 8.550, de 30-12-1993, é desmembrado do município de São José do Rio Preto o distrito de Ipiguá. Elevado à categoria de município.
Em divisão territorial datada de 2001, o município é constituído de 3 distritos: São José do Rio Preto, Engenheiro Schmidt e Talhado.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2009.