As origens de São José dos Campos remontam ao final do século 16, quando se formou a Aldeia do Rio Comprido, uma fazenda jesuítica que usava a atividade pecuarista para evitar incursões de bandeirantes. Porém, em 10 de setembro de 1611, a lei que regulamentava os aldeamentos indígenas por parte dos religiosos fez com que os jesuítas fossem expulsos e os aldeãos espalhados.
Os jesuítas voltaram anos mais tarde, estabelecendo-se em uma planície a 15 quilômetros de distância, onde hoje está a Igreja Matriz de São José, no centro. Este núcleo, que deu origem à cidade, tinha clima agradável e ficavam numa posição estratégica em caso de invasões. Novamente a missão passava aos olhares externos como fazenda de gado. Nesse período, a aldeia apresentou sérias dificuldades econômicas por causa do grande fluxo de mão de obra para o trabalho nas minas.
Em 1759, os jesuítas foram expulsos do Brasil, e todas as posses da ordem confiscadas por Portugal. Na mesma época, Luis Antonio de Souza Botelho Mourão, conhecido como Morgado de Mateus, assumiu o governo de São Paulo, com a incumbência de reerguer a capitania, mera coadjuvante num cenário em que Minas Gerais se destacava pela atividade mineradora. Uma das primeiras providências foi elevar à categoria de vila diversas aldeias, entre elas São José, com o objetivo de aumentar a arrecadação provincial.
Mesmo antes de se tornar freguesia, a aldeia foi transformada em vila em 27 de julho de 1767 com o nome de São José do Paraíba. Foram erguidos o pelourinho e a Câmara Municipal, símbolos que caracterizavam a nova condição. Entretanto, a emancipação política não trouxe grandes benefícios até meados do século 19, quando o município passou a exibir sinais de crescimento econômico, graças à expressiva produção de algodão, exportado para a indústria têxtil inglesa.
Depois de ocupar posição periférica no período áureo do café no Vale do Paraíba, São José dos Campos ganhou destaque nacional na chamada fase sanatorial, quando inúmeros doentes procuravam o clima da cidade em busca de cura para a tuberculose. Gradativamente já estava sendo criada uma estrutura de atendimento, com pensões e repúblicas.
Em 1924 foi inaugurado o Sanatório Vicentina Aranha, o maior do país. Somente em 1935, com os investimentos do governo de Getúlio Vargas e a transformação do município em estância climatérica e hidromineral, o município pôde investir em infraestrutura, principalmente na área de saneamento básico, que no futuro viria a ser um trunfo a mais para a atração de investimentos destinados ao desenvolvimento industrial.
Entre 1935 a 1958, a cidade foi administrada por prefeitos sanitaristas, nomeados pelo governo estadual. A autonomia para eleger o prefeito foi perdida em 1967, durante o regime militar, e reconquistada em 1978.
O processo de industrialização da de São José dos Campos tomou impulso a partir da instalação, em 1950, do então Centro Técnico Aeroespacial (CTA) - hoje Departamento de Ciência e Tecnologia Aeroespacial (DCTA) - e inauguração da Via Dutra, em 1951. Nas décadas seguintes, com a consolidação da economia industrial, a cidade apresentou crescimento demográfico expressivo, que também acelerou o processo de urbanização.
Nos anos 90 e início do século 21, São José dos Campos passou por um importante incremento no setor terciário. A cidade é um centro regional de compras e serviços, com atendimento a aproximadamente 2 milhões de habitantes do Vale do Paraíba e sul de Minas Gerais.

Elevado à categoria de vila com a denominação de São José do Paraíba, por Ordem de 27-07-1767, desmembrada do termo da antiga Vila de Jacareí.
Por Ordem de 03-11-1768, é criado o distrito de São José dos Campos e anexado à vila de São José do Paraíba.
Elevado à categoria de cidade e sede do municipal com a denominação de São José do Paraíba, pela Lei Provincial n.º 27, de 22-04-1864.
Pela Lei Provincial n.º 47, de 02-04-1871, o município de São José do Paraíba passou a ser a sede de São José dos Campos, sendo seu território anexado ao distrito sede do município de São José dos Campos como simples zona.
Pela Lei n.º 59, de 16-08-1892, é criado o distrito de São Francisco Xavier (ex-localidade), e anexado ao município de São José dos Campos.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1911, o município de São José dos Campos é constituído de 2 distritos: São José dos Campos e São Francisco Xavier.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1933, o município de São José dos Campos permanece com 2 distritos: São José dos Campos e São Francisco Xavier.
Pelo Decreto Estadual n.º 6.448, de 21-05-1934, o município de Buquira é extinto, sendo seu território anexado ao município de São José dos Campos.
Pelo Decreto n.º 6.638, de 31-08-1934, é criado o distrito de Eugênio de Melo e anexado ao município de São José dos Campos.
Pelo Decreto de 05-10-1934, é criado o distrito de Santana do Paraíba e anexado ao município de São José dos Campos.
Em divisões territoriais datadas de 31-XII-1936 e 31-XII-1937, o município é constituído de 5 distritos: São José dos Campos, Buquira, Eugênio de Melo, São Francisco Xavier e Santana do Paraíba.
Pelo Decreto-lei Estadual n.º 9.073, de 31-03-1938, o distrito Santana do Paraíba aparece com simples zona do distrito de São José dos Campos.
No quadro fixado para vigorar no período de 1939-1943, o município é constituído de 4 distritos: São José dos Campos, Buquira, Eugênio de Melo e São Francisco Xavier.
Pela Lei Estadual n.º 233, de 24-12-1948, desmembra de São José dos Campos o distrito de Buquira. Elevado á categoria de município com a denominação de Monteiro Lobato.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1960, o município é constituído de 3 distritos: São José dos Campos, Eugênio de Melo e São Francisco Xavier.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2009.