Os primeiros europeus que circularam por terras paranaenses eram portugueses e espanhóis em busca de riquezas naturais. Foi de São Paulo que partiram várias expedições para os sertões brasileiros em busca de ouro ou de índios para o trabalho escravo. Uma delas descobriu pequena quantidade de ouro no litoral paranaense e como conseqüência ali se formou um pequeno povoado. Pouco tempo depois, em janeiro de 1.649, era instalada a Vila de Nossa Senhora do Rosário de Paranaguá.
Procurando descobrir ouro em outras localidades paranaenses, partiram de Paranaguá duas expedições, uma em 1.649 e outra em 1.651. O resultado foi animador, pois Ébano Pereira, chefe das duas expedições, registrava em um relatório a descoberta de ouro em rios do planalto. A notícia da descoberta de ouro nestes rios provocou o surgimento do Arraial Grande, um pequeno povoado situado junto ao Rio do Arraial. Foi ele o primeiro povoado português das terras são-joseenses. Até então, o espaço onde atualmente se localiza o município de São José dos Pinhais, foi ocupado por grupos das sociedades indígenas. Primeiramente foram os povos caçadores e coletores e na época da chegada dos portugueses por grupos que pertenciam às famílias lingüísticas dos Jê e Tupi-Guarani. O crescimento do Arraial Grande aconteceu de uma forma rápida e desordenada, pois nele os portugueses pretendiam permanecer somente enquanto houvesse ouro para explorar. Na mesma época do surgimento deste povoado, diversos portugueses se tornaram proprietários de grandes extensões de terras no espaço hoje ocupado pelo Município. Entre eles, estava o Padre João da Veiga Coutinho que se tornou dono das fazendas Águas Bellas e Capocu.
A Fazenda Águas Bellas possuía uma excelente localização, pois era cortada por importantes caminhos percorridos pelos primeiros colonizadores. Foi nesta Fazenda, provavelmente junto à sua sede, que no ano de 1.690 ocorreu a inauguração da Capela de Bom Jesus dos Perdões. A presença da Igreja Católica era importante para o lugar isto porque, na época, a Igreja fazia parte do processo administrativo de colonização. Com a inauguração desta Capela, o espaço são-joseense passou a ter uma autoridade que representava o Governo Português. Pouco tempo depois, no ano de 1.721, o Ouvidor Geral Raphael Pires Pardinho solicitava a eleição das primeiras autoridades para a Freguesia de São José. Na organização administrativa colonial, as freguesias eram povoações que contavam com uma autoridade eclesiástica local e possuíam representantes junto à administração pública da vila a que pertenciam.
O ouro era pouco e por volta de 1.750, sua exploração estava praticamente extinta. Sem outra atividade econômica lucrativa, o crescimento populacional foi muito lento.
Durante todo o século XVIII e a primeira metade do século XIX, a Freguesia de São José possuía uma população pobre e dispersa, onde a grande maioria vivia de uma agricultura de subsistência. Embora fosse esta freguesia uma das maiores da região, ela foi abandonada pelas autoridades locais (Câmara Municipal da Vila de Nossa Senhora da Luz dos Pinhais de Curitiba), como também pelas autoridades regionais (Capitania de São Paulo e depois Província de São Paulo).

Distrito criado com a denominação de São Paulo, em 1754.
Elevado à categoria de vila com a denominação de São Paulo, pela Lei Provincial n.º 10, de 16-07-1852, desmembrado do município de Curitiba. Sede na antiga povoação de São Paulo. Constituído do distrito sede. Instalada em 08-01-1853.
Elevada à condição de cidade com a denominação de São José dos Pinhais, pela Lei Estadual n.º 259, de 27-12-1897.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1911, o município São José dos Pinhais (ex-São Paulo) é constituído do distrito sede.
Assim permanecendo em divisão administrativa referente ao ano de 1933.
Em divisões territoriais datadas de 31-XII-1936 e 31-XII-1937, o município aparece constituído de 4 distritos: São José dos Pinhais, Agudos, Ambrósios e Mandirituba.
Pelo Decreto Estadual n.º 7.573, de 20-10-1938, o distrito de Ambrósio tomou a denominação de Tijucas.
No quadro fixado para vigorar período de 1939-1943, o município é constituído de 4 distritos: São José dos Pinhais, Agudos, Mandirituba e Tijucas (ex-Ambrósio).
Pelo Decreto-lei Estadual n.º 199, de 30-12-1943, os distritos de Agudos e Tijucas tomaram a denominação, respectivamente, de Carijós e Aruatã.
No quadro fixado para vigorar período de 1944-1948, o município é constituído de 4 distritos: São José dos Pinhais, Aruatã (Tijucas), Carijós (ex-Agudos) e Mandirituba.
Pela Lei Estadual n.º 790, de 14-11-1951, desmembra do município de São José dos Pinhais os distritos de Aruatã e Agudos do Sul (ex-Agudos), para constituir o novo município de Tijucas do Sul. Pela Lei Estadual acima citada é criado o distrito de Campo Largo da Roseira e anexado ao município de São José dos Pinhais.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1955, o município é constituído de 3 distritos: São José dos Pinhais, Campo Largo da Roseira e Mandirituba.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 1-VII-1960
Pela Lei Estadual n.º 4.245, de 25-07-1960, é desmembrado do município de São José dos Pinhais o distrito de Mandirituba. Elevado à categoria de município.
Em divisão territorial datada de 31-XII-1963, o município é constituído de 2 distritos: São José dos Pinhais e Campo Largo da Roseira.
Pela Lei Estadual n.º 5.597, de 21-07-1967, é criado o distrito de Colônia Murici e anexado ao município de São José dos Pinhais.
Em divisão territorial datada de 31-XII-1968, o município é constituído de 3 distritos: São José dos Pinhais, Campo Largo da Roseira e Colônia Murici.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 1-I-1979.
Pela Lei Estadual n.º 7.306, de 13-05-1980, é criado o distrito de Cachoeira São de São José e anexado ao município de São José dos Pinhais.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1983, o município é constituído de 4 distritos: São José dos Pinhais, Cachoeira São de São José, Campo Largo da Roseira e Colônia Murici.
Pela Lei Estadual n.º 8.429, de 12-12-1986, é criado o distrito de São Marcos e anexado ao município de São José dos Pinhais.
Pela Lei Estadual n.º 8.431, de 12-12-1986, é criado o distrito de Borda do Campo de São Sebastião e anexado ao município de São José dos Pinhais.
Em divisão territorial datada de 1988, o município é constituído de 6 distritos: São José dos Pinhais, Borda do Campo de São Sebastião, Cachoeira de São José, Campo Largo da Roseira, Colônia Murici e São Marcos.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 1995.
Em divisão territorial datada de 2001, o município é constituído de 7 distritos: São José dos Pinhais, Borda do Campo de São Sebastião, Cachoeira de São José, Campo Largo da Roseira, Colônia Murici, Marcelino e São Marcos.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2007.