A origem do Município remonta ao final do século XVIII, quando a coroa portuguesa distribuiu terras nas margens da Lagoa dos Patos a militares que se destacaram nas guerras contra os espanhóis. Os proprietários erigiram capelas em devoção aos seus santos prediletos.
Em 1807, os moradores da Fazenda do Boqueirão construíram a capela de Nossa Senhora da Conceição, ao redor da qual desenvolveu-se o povoado que é o berço do município.
Na Fazenda de São Lourenço, sita na margem esquerda do arroio do mesmo nome, foi edificada em 1815 uma capela devotada a São Lourenço. No Arroio São Lourenço, o italiano Giuseppe Garibaldi, a serviço da República Riograndense, improvisou o estaleiro onde foram construídos os dois lanchões armados usados para combater a frota imperial baseada na Lagoa dos Patos e empregados mas tarde na expedição farroupilha à Laguna. São Lourenço foi palco de vários combates entre o exército farroupilha e o imperial.
Em 1850, o Coronel José Antonio de Oliveira Guimarães, doou parte das terras da fazenda para uma nova povoação e, em 1858, firmou contrato com o prussiano Jacob Rheingantz, para o estabelecimento de colonos alemães na região. O pequeno porto localizado na embocadura do Arroio São Lourenço, tornou-se então um dos mais importantes portos de veleiros mercantes do sul do Brasil, contribuindo para o progresso da colônia que foi grande produtora de batata durante o século XIX e parte do século XX.

Freguesia criada com a denominação de São João da Reserva, por Lei Provincial n.º 1.031, de 29-04-1876 e por ato Municipal n.º 11, de 30-09-1892.
Elevado à categoria de vila com a denominação de São João da Reserva, pela Lei Provincial n.º 1.449, de 06-04-1884. Sede na povoação de São João da Reserva. Constituído do distrito sede. Instalado em 07-03-1890.
Pelo Decreto Estadual n.º 88, de 15-02-1890, transfere a sede da povoação de São João da Reserva para a de São Lourenço.
Por Ato Municipal n.º 11, de 30-09-1892, foram criados os distritos de Boqueirão, Quevedos e Taquaral e anexados ao município de São Lourenço.
Por Ato Municipal n.º 1, de 02-01-1903, foram criados os distritos de Evaristo e Pinheiros e anexados ao município de São Lourenço.
Por Ato Municipal n.º 163, de 20-07-1909, é criado o distrito de Harmonia e anexado ao município de São Lourenço.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1911, o município de São Lourenço é constituído de 7 distritos: São Lourenço, Boqueirão, Evaristo, Harmonia, Quevedos, Pinheiros e Taquaral.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1933, o município é constituído de 5 distritos: São Lourenço, Boqueirão, Bom Jesus (ex-Taquaral), Pinheiros e Harmonia, menos os distritos de Evaristo e Quevedos que não aparecem nesta divisão.
Pelo Decreto Estadual n.º 7.199, de 31-03-1938, o distrito de Bom Jesus voltou a denominar-se Taquaral. Sob o mesmo decreto os distritos de Pinheiros e União (ex-Harmonia) foram extintos, sendo seu território anexados ao distrito de Boqueirão.
Pelo Decreto-lei Estadual n.º 720, de 29-12-1944, o município de São Lourenço passou a denominar-se São Lourenço do Sul. Sob o mesmo decreto o distrito de Taquaral é extinto sendo seu território anexado ao distrito de Boqueirão.
No quadro fixado para vigorar no período de 1944-1948, o município é constituído de 2 distritos: São Lourenço do Sul e Boqueirão.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1955, o município é constituído de 2 distritos: São Lourenço do Sul e Boqueirão.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 1-VII-1960.
Pela Lei Municipal foram criados os distritos de Boa Vista, Esperança, Faxinal, Harmonia, Prado Novo e Taquaral e anexado ao município de São Lourenço do Sul.
Em divisão territorial datada de 1995, o município é constituído de 8 distritos: São Lourenço do Sul, Boa Vista, Boqueirão, Esperança, Faxinal, Harmonia, Prado Novo e Taquaral.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2007.