Os primeiros colonizadores portugueses chegaram a São Mateus por volta de 1544, mas a vila de São Mateus só passou a município em 1848. A cidade recebeu o nome de São Mateus por ter sido visitada pelo padre José de Anchieta em um dia 21 de setembro (dia do evangelhista Mateus).
Até o final da década de 1930, os meios de transporte de passageiros e mercadorias para toda a região norte do Espírito Santo eram os animais (cavalos e tropas de muares), os pequenos navios que aportavam em São Mateus e o trem de ferro. O movimento no porto de São Mateus era intenso, com os trapiches cheios de mercadorias para exportação. Os armazéns vendiam mercadorias aos moradores locais e aos da vila do interior, como Barra de São Francisco, Nova Venécia, Boa Esperança, Jaguaré, etc, todas ainda pertencentes ao território de São Mateus. Por causa da pouca profundidade e largura do rio, em alguns lugares os navios só podiam entrar ou sair de 15 em 15 dias, nas luas cheias e novas, quando as marés são mais altas.

Freguesia criada com a denominação de São Mateus por Carta Régia em 23-05-1751.
Elevada à categoria de vila com a denominação de São Mateus em 27-09-1764, sendo a sede na antiga vila de São Mateus e tendo sido instalada em 21-09-1774.
Elevada à condição de cidade com a denominação de Vila de São Mateus pela Resolução Provincial n.º 1, de 03-04-1848.
Pela Lei Municipal de 13-08-1986 é criado o distrito de Serra do Aimorés e anexado ao município de São Mateus.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1911 o município é constituído de 2 distritos: São Mateus e Serra dos Aimorés.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1933 o município é constituído de 2 distritos: São Mateus e Nova Venécia (ex-Serra dos Aimorés).
Pela Lei Estadual de 24-06-1935 é criado o distrito de Barra de São Francisco e anexado ao município de São Mateus.
Em divisões territoriais datadas de 31-XII-1936 e 31-XII-1937 o município é constituído de 3 distritos: São Mateus, Barra de São Francisco e Nova Venécia.
Pelo Decreto-lei Estadual n.º 15.177, de 31-12-1943, é desmembrado do município de São Mateus o distrito de Barra de São Francisco, elevado à categoria de município.
No quadro fixado para vigorar no período de 1944 a 1948 o município é constituído de 2 distritos: São Mateus e Nova Venécia.
Pela Lei Estadual n.º 265, de 22-10-1949, foram criados os distritos de Barra Nova, Boa Esperança, Nestor Gomes e Nova Verona e anexados ao município de São Mateus.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1950 o município é constituído de 6 distritos: São Mateus, Barra Nova, Boa Esperança, Nestor Gomes, Nova Venécia e Nova Verona.
Pela Lei Estadual n.º 767, de 11-12-1953, é desmembrado do município de São Mateus o distrito de Nova Venécia, elevado à categoria de município.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1960,o município é constituído de 5 distritos: São Mateus, Barra Nova, Boa Esperança, Nestor Gomes e Nova Verona.
Pela Lei Estadual n.º 1.912, de 28-12-1963, é desmembrado do município de São Mateus o distrito de Boa Esperança, elevado à categoria de município.
Em divisão territorial datada de 31-XII-1968 o município é constituído de 4 distritos: São Mateus, Barra Nova, Nestor Gomes e Nova Verona.
Pela Lei Estadual n.º 1.951, de 13-01-1964, foram criados os distritos de Barra Seca, Itauinhas e Jaguaré.
Pela Lei Estadual n.º 3.445, de 12-12-1981, são desmembrados do município de São Mateus os distritos de Barra Seca e Jaguaré, para constituírem o novo município de Jaguaré.
Em divisão territorial datada de 1988 o município é constituído de 5 distritos: São Mateus, Barra Nova, Itauninhas, Nestor Gomes e Nova Verona.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2014.