A ocupação das ricas terras conhecidas hoje como o município de São Miguel do Guamá deu-se por volta do século XVII através das navegações realizadas pelos colonos portugueses ao longo do rio Guamá, com as sesmarias, lotes de terras que foram concedidas pelo governo da capitania, dentre elas a cedida ao convento do Carmo, fundou-se a fazenda Pernambuco dando início ao processo de povoamento da região.
Em uma das visitas pastorais o bispo D. Miguel de Bulhões, em 1758, ao passar pela fazenda de Agostinho Domingos de Siqueira, resolveu criar uma freguesia com 60 braças de terra sob a invocação de São Miguel. Com a criação da freguesia e a presença do vigário na sede, foi construída a Igreja Matriz e em torno desta as casas foram sendo erguidas e o local tomou o desenvolvimento de povoado, ainda como simples freguesia e assim durante todo o período colonial.
A nova divisão da província do Pará foi dada em termos de comarca, nas sessões de 10 a 17 de maio de 1833, com isso a freguesia de Frei Miguel de Bulhões também conhecida como São Miguel da Cachoeira, passou a fazer parte do município de Ourém.
Já em 1873 a Assembléia Provincial cria o respectivo município. A partir daí São Miguel deixa a categoria de vila passando a ser município.

Distrito criado com denominação de São Miguel do Guamá em 1758.
Elevado à categoria de vila com a denominação de São Miguel do Guamá, pela Lei Provincial n.º 663, de 31-10-1870. Sede na atual vila de São Miguel de Guamá. Instalado em 07-01-1873.
A Lei Provincial n.º 934, 31-07-1879, desmembra da vila de São Miguel do Guamá o distrito de Irituia, elevado novamente à categoria de município.
Pela Lei Provincial n.º 1.286, de 13-09-1886, a vila de São Miguel do Guamá adquiriu a extinta vila de Irituia.
Pela Lei Provincial n.º 1.307, de 28-11-1887, a vila de São Miguel do Guamá adquiriu a extinta vila de Ourém.
Em 1889, é desmembrado da vila de São Miguel do Guamá o distrito de Ourém, elevado à categoria de vila.
Elevado à condição de cidade com a denominação de São Miguel do Guamá pelo Decreto Estadual n.º 344, de 30-05-1891.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1911 o município é constituído de 2 distritos: São Miguel do Guamá e Santana.
Pelo Decreto Estadual n.º 6, de 04-11-1930, o município de São Miguel do Guamá adquiriu o extinto município de Irituia.
Pela Lei Estadual n.º 1.564, de 30-12-1931, o município de São Miguel do Guamá adquiriu o distrito de Ourém.
O Decreto Estadual de 1933 desmembra do município de São Miguel do Guamá o distrito de Irutuia, elevado novamente à categoria de município.
Em divisões territoriais datadas de 31-XII-1936 e 31-XII-1937 o município aparece constituído de 5 distritos: São Miguel do Guamá, Bonito, Caju, Urucuri e Urucueuteua.
Pelo Decreto-lei Estadual n.º 3.131, de 31-10-1938, foram extintos os distritos de Bonito, Caju, Urucuri e Urucueuteua, sendo seus territórios anexados ao distrito sede do município de São Miguel do Guamá.
Pelo Decreto-lei Estadual n.º 4.505, de 30-12-1943, o município de São Miguel do Guamá passou a denominar-se Guamá.
Pelo Decreto Estadual n.º 158, de 31-12-1948, foram recriados os distritos de Bonito, Cajú, Urucuri, Urucueuteua e anexados ao município de São Miguel do Guamá.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1950 o município é constituído de 5 distritos: Guamá, Bonito, Caju, Urucuri e Urucueuteua. Assim permanecendo em divisão territorial datada de 1-VII-1960.
Pela Lei Estadual n.º 2.460, de 29-12-1961, o município de Guamá passou a denominar-se São Miguel do Guamá. A mesma Lei desmembra do município Guamá o distrito de Bonito, elevado à categoria de município.
Em divisão terretorial datada de 31-XII-1963 o município já denominado São Miguel do Guamá é constituído de 4 distritos: São Miguel do Guamá, Caju, Urucuri, Urucueuteua. Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2014.