Índios Botocudos foram os primeiros habitantes da região Bacia do Suaçuí onde hoje se localiza o município. A primeira notícia que se tem sobre a fundação do povoado foi quando o fazendeiro Belarmino Alves de Oliveira doou 17 alqueires de terra para iniciar a construção do povoado.
A fertilidade das terras propícias para a criação de gado e a agricultura, e a doação de terras, trouxeram para o local pessoas com objetivo de comprar ou ocupar terras para estruturar suas fazendas, surgindo daí a formação do povoado.
O topônimo originou-se da vontade do fazendeiro Belarmino Alves de Oliveira, que impôs como condição da doação que o povoado recebesse este nome, devido sua devoção a este santo e por causa do rio Suaçuí que banha a cidade.

Distrito criado com a denominação de São Pedro do Suassuí, pela Lei Provincial n.º 3.442, de 28-09-1887, e Lei Estadual n.º 2, de 14-09-1891, subordinado ao município de Suassuí.
Pela Lei Provincial n.º 3.446, de 28-09-1887, o município de Suassuí tomou a denominação de Peçanha.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1911, o distrito de São Pedro do Suassuí figura no município de Peçanha (ex-Suassuí).
Assim permanecendo nos quadros de apuração do Recenseamento Geral de 1-IX-1920.
Pela Lei Estadual n.º 843, de 07-09-1923, o distrito de São Pedro do Suassuí tomou a denominação de Tourinho, subordinado ao município de Peçanha.
Pela Lei Estadual n.º 885, de 27-01-1925, o distrito de Tourinho voltou a chamar-se São Pedro do Suassuí.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1933, o distrito de São Pedro do Suassuí figura no município de Peçanha.
Assim permanecendo em divisões territoriais datadas de 31-XII-1936 e 31-XII-1937.
Pela Lei n.º 336, de 27-12-1948, alterou a grafia de São Pedro do Suassuí para São Pedro do Suaçuí
Em divisão territorial datada de 1-VII-1950, o distrito de São Pedro do Suaçuí (ex-São Pedro do Suassuí) figura no município de Peçanha.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 1-VII-1960.
Elevado à categoria de município com a denominação de São Pedro do Suaçuí, pela Lei Estadual n.º 2.764, de 30-12-1962, desmembrado de Peçanha. Sede no antigo distrito de São Pedro do Suaçuí. Constituído do distrito sede. Instalado em 01-03-1963.
Em divisão territorial datada de 31-XII-1963, o município é constituído do distrito sede.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2007.