A cidade foi fundada em 16 de Agosto de 1657 pelo nobre capitão paulista Pedro Vaz de Barros, conhecido também como Vaz Guaçu, o grande. A cidade recebeu o nome São Roque devido a devoção de seu fundador por este santo. Atraído pela região, estabeleceu-se com sua família e com 1200 índios, em média, às margens dos ribeirões Carambeí e Aracaí, começando assim, a cultivar trigo e uva.
Mais tarde, imigrantes italianos e portugueses cobriram as encostas dos morros com vinhedos, instalaram suas adegas e transformaram São Roque na famosa 'terra do vinho'. Em 1681, Fernão Paes de Barros, irmão do fundador, constrói a Casa Grande e a Capela de Santo Antonio, em taipa de pilão, vindo esta a servir como parada e pousada dos bandeirantes, que desciam o Rio Tietê em busca de ouro e esmeraldas. Em 1832, São Roque foi elevada à condição de vila e, em 1864, à categoria de município.

Distrito criado com a denominação de São Roque em 1768.
Elevado à categoria de município com a denominação de São Roque pelo Decreto de 10-06-1832, sendo desmembrado de Parnaíba. Constituído do distrito sede.
Pela Lei Provincial n.º 10, de 12-02-1844, São Roque adquiriu do município de Parnaíba o distrito de Araçariguama.
Elevado à condição de cidade com a denominação de São Roque pela Lei Provincial n.º 26, de 22-04-1864.
A Lei Provincial n.º 43, de 16-04-1874, desmembra do município de São Roque o distrito de Araçariguama, elevado à categoria de vila.
Pela Lei Estadual n.º 1.131, de 24-09 1908, é criado o distrito de Mairinque e anexado ao município São Roque.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1911 o município é constituído de 2 distritos: São Roque e Mayrinque. Assim permanecendo em divisão administrativa referente ao ano de 1933.
Pelo Decreto Estadual n.º 6.448, de 21-05-1934, São Roque adquiriu o território do extinto município de Araçariguama como simples distrito.
Em divisões territoriais datadas de 31-XII-1936 e 31-XII-1937 o município é constituído 3 distritos: São Roque, Araçariguama e Mairinque.
No quadro fixado para vigorar no período de 1939 a 1943, o município é constituído de 3 distritos: São Roque, Araçariguama e Mairinque, estando este último grafado Mayrink no ano de 1938.
Pelo Decreto-lei Estadual n.º 14.334, de 30-11-1944, é criado o distrito de Taxaquara e anexado ao município de São Roque.
No quadro fixado para vigorar no período de 1944 a 1948, o município é constituído de 3 distritos: São Roque, Araçariguama e Mairinque, estando este último grafado Mayrink no ano de 1938.
Pela Lei Estadual n.º 233, de 24-12-1948, o distrito de Taxaquara tomou a denominação de São João Novo.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1950 o município é constituído 4 distritos: São Roque, Araçariguama, Mairinque e São João Novo. Assim permanecendo em divisão territorial datada de 1-VII-1955.
Pela Lei Estadual n.º 5.285, de 18-02-1959, é criado o distrito de Canquera e anexado ao município de São Roque. A mesma Lei desmembra do município de São Roque o distrito de Mairinque, elevado à categoria de município.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1960 o município é constituído de 4 distritos: São Roque, Araçariguama, Canguera e São João Novo. Assim permanecendo em divisão territorial datada de 1-I-1979.
Pela Lei Estadual n.º 3.198, de 23-12-1981, é criado o distrito de Mailasqui e anexado ao município de São Roque.
Em divisão territorial datada de 1998 o município é constituído de 5 distritos: São Roque, Araçariguama, Canguera, Mailasqui e São João Novo.
A Lei Estadual n.º 7.644, de 30-12-1991, desmembra do município de São Roque o distrito de Araçariguama, elevado à categoria de município.
Em divisão territorial datada de 2001 o município é constituído de 4 distritos: São Roque, Canguera, Mailasqui e São João Novo. Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2014.