A área que atualmente correspondente ao município de Sapiranga era, inicialmente, ocupada por índios Kaingangues e Guaranis, que viviam pela encosta e juntos aos rios e arroios. A ocupação portuguesa ocorreu no século 18, mas o primeiro proprietário, segundo o registro de sesmarias (1816-1820), foi Innocencio Alves Pedroso, que vendeu suas terras a João Ferreira da Silva, que, por sua vez, negociou elas com Manoel José Leão. Nesta época a região chamava-se Padre Eterno e pertencia à freguesia da Aldeia dos Anjos, onde Manoel José Leão instalou sua propriedade conhecida como Fazenda Leão (Leonerhof).
No período de 1824 a 1826, os primeiros alemães estabeleceram-se no Rio Grande do Sul. Estes imigrantes germânicos desembarcaram em São Leopoldo no dia 25 de julho de 1824 (data hoje festiva em nossa região), iniciando a história dos municípios que formam a região conhecida como Vale dos Sinos. Esses imigrantes receberam lotes de terras, onde deram início à sua habitação. Segundo a historiadora e professora Dóris Fernandes Magalhães, a Fazenda Padre Eterno, após discussões jurídicas, foi levada à leilão pela Justiça e arrematada em praça pública por João Pedro Schmidt, comerciante do Hamburgerberg, em julho de 1842. Essa venda marca o início, de fato, da colonização alemã nas terras que hoje formam o município de Sapiranga. O comerciante cria a sociedade com seu vizinho João Kraemer, e, através da Sociedade Schmidt & Kraemer, são loteadas as áreas da Fazenda Padre Eterno para colonos, que se organizam em pequenas propriedades policultoras, usando mão-de-obra familiar. Os primeiros colonos a comprarem terras (chamadas de prazos coloniais) foram João Hofmeister e Henrique Pedro Müller, em 1845, em lotes vendidos próximos da encosta do Morro Ferrabraz.
Os colonos vindos do Hunsrück instalados vão se dedicar à atividade agrícola de subsistência, bem como ao artesanato, ferraria, marcenaria, carpintaria, selaria e tamancaria, trabalhos que haviam trazido da Europa e graças a qual puderam suprir suas necessidades nas novas colônias. Nos primeiros anos era comum encontrar os colonos dedicando-se, simultaneamente, a alguma atividade artesanal e outra agrícola. Aos poucos, o artesanato se amplia para pequenas manufaturas onde, como na lavoura, a mão-de-obra básica era a familiar. Mas o advento da manufatura não iria eliminar o artesanato, de modo que, por muito tempo, ambas as atividades iriam coexistir.
Em 1850, começou o povoamento efetivo do solo sapiranguense, com o estabelecimento dos primeiros colonos. Em 1.º de julho desse ano havia em Sapiranga e seus arredores 398 habitantes, a maioria deles (265), evangélicos. Assim, em 9 de fevereiro de 1851, o pastor Doutor Roch inaugura a primeira igreja, sendo que até então os cultos eram celebrados em residências particulares. Em 1880 seria construída a casa paroquial e também a Escola Duque de Caxias. Em 1890 é adquirido o primeiro sino para a igreja.
O desenvolvimento da colônia alemã teve um episódio violento na segunda metade do século 19, a chamada batalha (ou revolta) dos Mucker, um conflito religioso e social entre os colonos no Morro Ferrabraz, que se arrastou de 1868 a 1874.
Os protagonistas desta saga foram Jacobina Mentz e João Jorge Maurer, que se conheceram em Hamburgo Velho, na metade do século 19, casaram-se em 1866 e se estabeleceram nas terras da encosta do Morro Ferrabraz (teriam tido seis filhos). Jacobina sofria de ataques epiléticos, desde criança, o que fazia com que ela fosse vista como uma pessoa de natureza transtornada. Quando ela adoeceu, o curandeiro Ludwig Buchorn a tratou e ensinou seu marido sobre as ervas e como elas podiam ser usadas para a cura de enfermidades. Como naquela época os médicos eram escassos, as pessoas comumente apelavam para os curandeiros. Enquanto Maurer utilizava seus conhecimentos com chás e ervas, Jacobina usava a religião no atendimento aos doentes, citando passagens bíblicas com interpretações livres. Tornou-se famosa por suas pregações e os tratamentos de cura passaram a ser vistos como miraculosos.
Assim, criou-se uma legião de seguidores (muitos até fanáticos) de Jacobina, e isso atraiu a ira de muitos outros habitantes que a viam como uma inimiga da igreja e acusavam de falsa curandeira. Surgiu então na colônia a definição Mucker para os seguidores de Jacobina, uma pejorativa palavra alemã que pode ser traduzida como falso, desonesto. Vieram abaixo-assinado, acusações, pressões na Justiça e no governo estadual. Os Mucker eram acusados de vários ataques na região pelas comunidades contrárias a eles. Com as acusações, ataques e a opressão, eclodiu o ódio no Morro Ferrabraz.
Iniciou-se então uma guerra violenta, sangrenta, que ficou conhecida como A Batalha dos Mucker. Casas comerciais foram incendiadas, resultando em mortes de crianças e adultos. A chegada das tropas de infantaria comandadas pelo coronel Genuíno Sampaio acentuam o prenúncio da ofensiva derradeira. Com a morte do coronel, após um ataque a seu acampamento, arma-se o combate final de tropas do Exército e da Guarda Nacional contra os Mucker, que ocorreu em 2 de agosto de 1874, resultando na morte de Jacobina e de seus últimos seguidores. Os poucos que sobreviveram foram presos e condenados. E, segundo relatos, mesmo depois de soltos os seguidores de Jacobina foram rechaçados por colonos que combateram a seita Mucker na região. Encerrava-se, assim, um página sangrenta da colônia ao pé do Ferrabraz.
A partir de 1890, Sapiranga deixa de ser parte do 4.º Distrito de São Leopoldo para ser vila e sede do 5.º distrito, pelo Ato Intendencial n.º 154. Em 1899, iniciou-se a construção da Ferrovia Novo Hamburgo-Taquara, inaugurada em 1903, ampliando o transporte que até então era feito por lanchões, barcos, cavalos, mulas e carretas.
Com a ferrovia, Sapiranga recebeu um novo impulso e, ao longo da estrada de ferro, se formaram os povoados, como Araricá e Campo Vicente.
Nesta época também surgiria o nome que daria origem à atual denominação do município. Havia abundância na região de uma fruta chamada araçá pyranga (termo indígena que significa a fruta araçá vermelha), denominação que originaria o nome do município de Sapiranga (Sapyranga, no início), em uma corruptela dos moradores que acabariam pronunciandoa fruta como 'a-ça-piranga'. Esta fruta ainda existe em quantidade significativa nos capões do Kraemer-Eck. A denominação de Sapyranga, inclusive, segundo historiadores, teria surgido pela primeira vez nessa região.
O desenvolvimento recebe impulso com a eletrificação da vila em 1935. A economia se diversifica: 76 casas comerciais, 148 estabelecimentos industriais, destacando-se indústrias de calçados, de sombrinhas, massas, sabão, atafonas , carimbos, metalúrgicas, móveis, aguardentes, vinhos, alfaiataria. Na década de 1940, ocorre um desenvolvimento maior na indústria de madeira e de calçados. No ano de 1946, começa a funcionar a primeira linha de ônibus pertencente a Braum e Cia, em um novo impulso nos transportes da região e a migração das estradas férreas para estradas de veículos automotores.
Em 1933, a partir do surgimento de novas fábricas, houve a ampliação do mercado de trabalho sapiranguense. Com isso, a população triplicou. Esses e vários outros motivos contribuíram para o crescimento da idéia de emancipação. As lideranças partiram para passos concretos, através da criação de uma Comissão de Emancipação. Também foi criado um Conselho Deliberativo composto de todos os presidentes de partidos políticos da região. Em 1948 se tem efetivamente início o movimento emancipacionista, buscando a independência política e econômica de Sapiranga através do desmembramento de São Leopoldo. O número de habitantes ainda era insuficiente (inferior a 12 mil) para se emancipar. Então, a organização apelou aos habitantes dos distritos de Picada Hartz e Campo Vicente (pertencentes a Taquara). Assim, com essa união, Sapiranga cumpria com todas as exigências previstas em lei para se emancipar.
Em 1953, após intensa campanha, na qual foram visitados todos os quadrantes da região formaria o novo município, com festas populares, discursos, panfletos bilingües em português e alemão lançados por todos os lugares, tem lugar um plebiscito, no qual se impõe a soberana vontade popular , almejando efetivamente a emancipação. O plebiscito ocorreu em 20 de Dezembro de 1953, sendo a proporção de votos de quase 5 por 1 a favor da emancipação. Pela Lei estadual n. 2.529, de 15 de dezembro de 1954, então, foi criado o município de Sapiranga, ocorrendo a instalação a 28 de fevereiro de 1955, data na qual é oficialmente festejado o aniversário da cidade.

Distrito criado com a denominação de Sapiranga por Ato Municipal nº 154, de 28-03-1890, no município de São Leopoldo.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1911 o distrito figura no município de São Leopoldo. Assim permanecendo em divisões territoriais datadas de 31-XII-1936 e 31-XII-1937.
No quadro fixado para vigorar no período de 1939 a 1943, o distrito permanece no município de São Leopoldo.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1950 o distrito permanece no município de São Leopoldo.
Elevado à categoria de município com a denominação de Sapiranga pela Lei Estadual n.º 2.529, de 15-12-1954, sendo desmembrado de São Leopoldo. Sede no antigo distrito de Sapiranga. Constituído de 2 distritos: Sapiranga e Araricá, ambos desmembrados do município de São Leopoldo. Instalado em 28-02-1955.
Pela Lei Municipal n.º 34, de 29-07-1955, foram criados os distritos de Campo Vicente e Picada Hartz e anexados ao município de Sapiranga.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1960, o município é constituído de 4 distritos: Sapiranga, Araricá, Campo Vicente e Picada Hartz. Assim permanecendo em divisão territorial datada de 1-I-1979.
A Lei Estadual n.º 8.429, de 02-12-1987, desmembra do município de Sapiranga os distritos de Picada Hartz e Campo Vicente, para constituírem o novo município de Nova Hartz.
Em divisão territorial datada de 1-VI-1995 o município é constituído de 2 distritos: Sapiranga e Araricá.
A Lei Estadual n.º 10.667, de 28-12-1995, desmembra de Sapiranga o distrito de Araricá, elevado à categoria de município.
Em divisão territorial datada de 2001 o município é constituído do distrito sede.
Em divisão territorial datada de 2014 o município é constituído de 2 distritos: Sapiranga e Picada São Jacó.