O povoado de Saubara surgiu em 1550, num local chamado Ponta de Saubara, próximo ao mar.

Distrito criado com a denominação de Saubara, pela Lei Provincial n.º 1.619, de 04-07-1876, subordinado ao município de Santo Amaro.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1911, o distrito Saubara, figura no município de Santo Amaro.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1960, o distrito de Saubara permanece no município de Santo Amaro.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 1988.
Elevado à categoria de município com a denominação de Saubara, pela Lei Estadual 5.007, de 13-06-1989, desmembrado de Santa Amaro. Sede no antigo distrito de Saubara. Constituído do distrito sede. Instalado em 01-01-1990.
Em divisão territorial datada de 1993, o município é constituído do distrito sede.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2001.
Em divisão territorial datada de 2005, o município é constituído de 3 distritos: Saubara, Bom Jesus do Pobres e Cabuçu.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2007.