Apesar de ter como dia de fundação 23 de setembro de 1828, na realidade sabe-se que esta data pertence a outro importante fato acontecido em nossa cidade: a concessão de Capela Curada (termo que institui uma paróquia) a Serra Negra pelo Bispo Diocesano de Mogi-Mirim, região a qual pertencíamos. No início do século XVIII (por volta de 1700) era grande a quantidade de colonizadores pretendendo terras nos locais cortados pelos caminhos que ligavam o litoral à região das minas de Goiás (ouro e diamantes).
Requerida as sesmarias (lote de terra inculta que os Reis de Portugal cediam a quem se dispusesse a cultivá-lo) localizadas à margem da estrada referida, eram logo concedidas e, assim, penetravam os bandeirantes léguas e léguas pelo sertão adentro. Por ser penoso o acesso a estas terras devido as montanhas chamadas de negras pela cor da vegetação, o povoamento se tornou difícil. Somente após 1800 (século XIX) é que começaram a aparecer alguns moradores nessa região. O mais importante nome que aparece na História de Serra Negra é o de Lourenço Franco de Oliveira, que é considerado o verdadeiro fundador da cidade.
Nascido no ano de 1775 na cidade de Bragança Paulista, era casado com Dona Manoela Bueno. Tinha um espírito aventureiro e decidiu sair pelos sertões com sua família e uma caravana de escravos até chegar a Mogi-Mirim, que na época era uma espécie de posto avançado ligando a sede da capitania de São Paulo as terras desconhecidas. Após explorar certas áreas, fixou residência no atual Bairro das Três Barras (barra=foz de rio). Formou uma fazenda, com criação de gado e cultivo de cereais, propôs aos poucos moradores da região a fundação de uma pequena capela, que foi erigida em nome de Nossa Senhora do Rosário do Rio do Peixe.
A tradição conta que a imagem da santa foi encontrada perto de um velho tronco de árvore e a crença popular afirmava que a Santa desejava não sair da companhia do velho tronco, ficando assim a capela estabelecida neste ponto. Em 1828, foi feita a pedido de Lourenço Franco de Oliveira ao Bispo Diocesano de Mogi-Mirim, a concessão de Capela Curada a Serra Negra, sendo designado um padre para 'conduzir aquelas ovelhas'. Por este motivo é comemorado a data de fundação da cidade em 23 de setembro. Lourenço Franco de Oliveira morreu em 13 de março de 1883 e seu corpo foi sepultado dentro da ainda Capela de Nossa Senhora do Rosário do Rio do Peixe.

Distrito criado com a denominação de Serra Negra, pela Lei Provincial n.º 23, de 10-03-1841.
Elevado à categoria de vila com a denominação de Serra Negra, pela Lei Provincial n.º 12, de 24-03-1859, desmembrado do município de Mogi-Mirim. Sede na antiga povoação de Serra Negra. Constituído do distrito sede. Serra Negra. Instalado em 07-09-1859.
Elevado à condição de cidade com a denominação de Serra Negra, pela Lei Provincial n.º 113, de 21-04-1885.
Pela Lei Estadual n.º 638, de 29-07-1899, é criado o distrito de Lindóia e anexado ao município de Serra Negra.
Em divisão administrativa do Brasil referente ao ano de 1911, o município é constituído de 2 distritos: Serra Negra e Lindóia.
Assim permanecendo em divisões territoriais datadas de 31-XII-1936 e 31-XII-1937.
Pela Lei Estadual n.º 9.775, de 30-11-1938, é desmembra do município de Serra Negra o distrito de Lindóia. Elevado à categoria de município.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1960, o município é constituído do distrito sede.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2021.