A história institucional do município se inicia em meados do século XX, a história da região onde este se insere tem suas raízes no processo de colonização e na construção multifacetada dessa cidade/metrópole, desde os seus primórdios.
A origem da cidade de Taboão da Serra, está diretamente ligada à colonização da igreja católica através do processo de aculturação e catequização dos indígenas em aldeamentos. Deles surgiram de algumas vilas e caminhos que foram criados para o escoamento dos produtos agrícolas, os nomes de vilarejos como M’boy, Carapicuíba, Cotia, Itapecerica, atestam essa presença.
O nome Taboão, já utilizado na documentação oficial desde o século XVIII, vem do fato da região existir uma planta denominada taboa, que cresce em locais de muita água por exemplo, no cruzamento do Córrego Poá com o Pirajuçara. A Taboa é conhecida como “capim dos brejos”, planta bastante rústica que está presente em vários pontos do planeta. Em tupi, os indígenas chamavam tal planta de “peri-peri”.
Diferente da grande maioria das cidades que nasceram em torno de uma igreja e seu rocio, Taboão da Serra surgiu a partir de três diferentes núcleos de povoamento. O que chamamos de “centro velho” e que se constitui hoje, no Jardim Santa Luzia e seus arredores, teve origem na antiga Chácara dos Padres Carmelitas (Igreja de Santa Terezinha), antiga venda do seu Zeca (José André de Moraes) e na velha bomba de gasolina de dona Luiza Hellmeister Andrade. Outro núcleo foi no Pirajuçara, onde o processo migratório teve bastante impacto no desenvolvimento econômico e social, proporcionando novos caminhos para a formação da cidade. Inicialmente japoneses e italianos envolvidos, nas atividades agrícolas e das olarias, proporcionaram trabalho e sustento para muita gente que veio principalmente de Minas Gerais e do nordeste, a partir de meados do século XX. A região da atual Vila Iasi, no Arraial Paulista, é o terceiro núcleo de desenvolvimento, pois entre os anos 1930 e 1960 funcionou o Instituto Pinheiros, grande indústria farmacêutica voltara para a produção de vacinas nos moldes do Instituto Butantã.
O instituto representou na época a industrialização da região, inúmeras foram as contribuições dessa indústria no alvorecer da cidade de Taboão da Serra, mas talvez, a maior delas tenha sido no campo político. A esse respeito é possível observar a presença de seus funcionários entre os primeiros emancipadores e políticos eleitos na região. Funcionários do instituto, proprietários de olarias, chácaras e comércio na região articularam a chamada Comissão dos 9, que organizou e promoveu o processo de emancipação.
Abaixo assinados, mobilizações em torno da Assembleia Legislativa de São Paulo e articulações políticas acabaram por fazer ser votada e aprovada, em 31 de dezembro de 1958, a Lei 5.121 que criava os municípios de Taboão e Embu, além de outros sete na Grande São Paulo, foi publicada no Diário Oficial do Estado de São Paulo no dia 31 de março de 1959. A data comemorativa do aniversário do município foi definida, no entanto, alguns anos depois quando a Câmara Municipal aprovou a data de 19 de fevereiro de 1959, data da assinatura, como sendo do aniversário da cidade. O primeiro governo eleito pelo povo de Taboão da Serra, na época com cerca de 4000 habitantes, foi Nicola Vivilechio que venceu por 54 votos.
Na sequência, diversos prefeitos eleitos tiveram como tarefa de suas gestões das continuidade à construção do município de forma independente, na década de 1980/90 obras públicas foram feiras por toda a cidade, criando-se o Ginásio de Esportes, o Parque das Hortênsias, a Praça Luiz Gonzaga, a Escola Municipal Técnica Rui Barbosa e inúmeras escolas de educação infantil, ensino fundamental, postos de serviços de saúde e entre eles o Hospital Pirajuçara.
A chegada dos anos -2000 – assistiu mudanças profundas em aspectos da vida econômica, social e educacional da cidade, aumentando o conforto e qualidade de vida da população.

Distrito criado com a denominação de Taboão da Serra, pela Lei Estadual n.º 2.456, de 30-12- 1953, subordinado ao município de Itapecerica da Serra.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1955, o distrito de Taboão da Serra figura no município de Itapecerica da Serra.
Elevado à categoria de município pela Lei Estadual n.º 5.285, de 18-02-1959, desmembrado do município de Itapecerica da Serra e parte do distrito de São Paulo, do município de São Paulo. Sede no atual distrito de Taboão da Serra. Constituído do distrito sede. Instalado em 19-02-1960.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1960, o município é constituído do distrito sede.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2019.