Antiga aldeia de índios Guaianás, conhecida por Itaboaté, o município nasceu numa área entre o córrego do Convento Velho e um afluente, hoje canalizado.
Consta que, em 20 de janeiro de 1936, o sertanista Jacques Félix, natural de São Paulo, foi incumbido pelo Capitão-mor Francisco da Rocha, então governador da Capitania de Itanhaém, de desbravar o sertão, com o intuito de demarcar as terras da capitania de São Vicente, de propriedade de Dona Mariana de Souza e Guerra, Condessa de Vimieiro. Deslocando-se com sua família, grande número de escravos índios e cabeças de gado, Jacques Félix conseguiu impor-se na região conquistada e em 30 de junho de 1639.
O progresso logo se fez sentir, sendo iniciadas várias construções: igreja matriz, cadeia, casa de sobrado para o Conselho, moinho de trigo, engenho de açúcar, etc.
Em 13 de outubro de 1639 o sertanista recebeu ordens de informar sobre a data de conclusão das obras, a fim de que povoação fosse erigida em Vila, o que se verificou em 5 de dezembro de 1645, com o nome de São Francisco das Chagas de Taubaté.
Em 1646, novamente, Jacques Félix foi encarregado de penetrar o sertão, em busca de minas, o que fez, transpondo a Mantiqueira, pela garganta do Embaú e atingindo o planalto do rio Verde. Outros o sucederam, como Antônio Rodrigues Frazão, que em 1693 descobriu ouro nos sertões de Cuiaté, e Bartolomeu Bueno de Siqueira, as minas de Itaverava.
A notícia das expedições desencadeou a corrida do ouro, a ponto de determinar em 1695 o estabelecimento da Casa de Fundição, no antigo largo do Convento, hoje praça Monsenhor Silva Barros. Foi a primeira instalada no Brasil. Nessa época, Taubaté surge como centro de irradiação de bandeiras começando a se projetar no cenário da vida colonial.
Passada a fase do ouro, aparece o cafeeiro e, já em 1854, o município se classifica entre os maiores produtores de café do vale do Paraíba. Cultivava ainda a cana-de-açúcar, que ocupava posição de destaque na produção do estado.
O topônimo Taubaté originou-se do tupi “Tab-a-etê”, taba verdadeira, residência do chefe ou, segundo outros, “Tauha-b-etê”, muito barro ou argila.

Distrito criado com a denominação de São Francisco das Chagas Taubaté, por Provisão de 05-12-1645.
Elevado à categoria de vila com a denominação de São Francisco das Chagas de Taubaté por Provisão, de 09-12-1645. Sede na antiga vila São Francisco das Chagas Taubaté. Constituído do distrito sede. Instalado em 01-01-1646.
Elevado à condição de cidade com a denominação de Taubaté (ex-São Francisco das Chagas Taubaté), pela Lei Provincial n.º 5, de 05-02-1842.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1911, o município é constituído do distrito sede.
Pela Lei Estadual n.º 2.087, de 19-12-1925, é criado o distrito de Quiririm e anexado ao município de Taubaté.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1933, o município é constituído de 2 distritos: Taubaté e Quiririm.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1960, o município permanece constituído de 2 distritos: Taubaté e Quiririm.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2009.