A antiga cidade de São Francisco de Paula, que se transformou no município de Trajano de Morais, começou a ser povoada em 1801, por fazendeiros que se ocupavam de agricultura e da criação de gado de corte e leiteiro. Naquela época, as povoações sempre começavam em torno de pequenas capelas ou igrejas.
Este pequeno povoado se ergueu em torno de uma casa de oração, cujo padroeiro era São Francisco de Paula e que pertencia ao Curato de Santa Maria Madalena. Curato era um povoado pastoreado por um Cura ou Vigário. O município foi elevado à categoria de Freguesia, graças à influência de José Antônio de Morais, rico proprietário nascido no Vale do Imbé e proprietário da Fazenda Aurora, em 1846.
Ao mesmo tempo, terras de outro rico fazendeiro foram cedidas para a implantação da área urbana da cidade. Dessa forma foi feita a construção da Matriz de São Francisco de Paula, com recurso dos irmãos fazendeiros José Antônio e Elias de Morais. Em 1891, São Francisco de Paula foi transformado em município, com a presença de autoridades e nobreza da região. Logo após, a linha de trem chegou à estação de Aurora (hoje Visconde de Imbé). O progresso foi, então, acelerado. A cidade ganhou prédios importantes, mansões, uma praça, hotel de luxo e outros símbolos de riqueza e dinamismo, inclusive dois jornais de circulação semanal.
Trajano de Morais, filho do Visconde de Imbé (José Antônio de Morais), tornou-se uma figura influente de seu tempo, principalmente por seu espírito dinâmico e seu caráter empreendedor. Faleceu em 1911 e o reconhecimento por seus esforços em prol do desenvolvimento da região chegaria anos mais tarde, em 1938, quando o município de São Francisco de Paula teve seu nome mudado para Trajano de Morais, em homenagem a um homem que amou sua terra profundamente.

Freguesia criada com a denominação de Francisco de Paula, pelo Lei Provincial n.º 400, de 20-05-1846 e pelos Decretos Estaduais n.º 1, de 08-05-1892 e 1-A, de 03-06-1892, subordinado ao município de Santa Maria Madalena.
Elevado a categoria de município com a denominação de São Francisco de Paula, pelo Decreto Estadual n.º 178, de 12-03-1891, desmembrado de Santa Maria Madalena. Sede na freguesia de São Francisco de Paula. Constituído do distrito sede. Instalado em 25-04-1892.
Pelo Decreto Estadual n.º 1-A, de 03-06-1892, é criado o distrito de Ventania e anexado ao município de São Francisco de Paula.
Pela Lei Estadual n.º 575, de 27-12-1902, é criado o distrito de Santa Maria do Rio Grande e anexado ao município de São Francisco de Paula.
Pela Lei Estadual n.º 963, de 28-10-1910, é criado o distrito de Ponte da Grama e anexado ao município de São Francisco de Paula.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1911, o município de São Francisco de Paula é constituído de 4 distritos: São Francisco de Paula, Ponte da Grama, Santa Maria do Rio Grande e Ventania.
Pela por força da Lei Estadual n.º 1.234, de 18-01-1915, transfere a sede do município de São Francisco de Paula para Estação de Trajano de Moraes. Sob a mesma Lei o distrito de Ventania passou a denominar-se Trajano de Moraes.
Pela Lei Estadual n.º 1.235, de 18-01-1915, transfere a sede do município de São Francisco de Paula da Estação de Trajano de Moraes para a localidade de Estação Visconde de Imbê.
Pela Lei n.º 1.633, de 18-11-1919, a sede do município de São Francisco de Paula foi transferida para o povoado de Aurora, na estação de Visconde de Imbé.
Pela Lei Estadual n.º 1.721, de 31-10-1921, é criado o distrito de Boa Esperança de Macabú e anexado ao município de São Francisco de Paula.
Pela Lei n.º 1.790, de 27-12-1923, a sede do município de São Francisco de Paula volta ser e Trajano de Moraes.
Pela Lei Estadual n.º 2.078, de 03-12-1926, o distrito de Santa Maria do Rio Grande passou a denominar-se Doutor Elias.
Pela Lei Estadual n.º 2.264, de 26-01-1928, o distrito de Boa Esperança de Macabú Passou a denominar-se Sodrelândia.
Elevado à condição de cidade com a denominação de Trajano de Moraes pela Lei Estadual n.º 2.335, de 27-12-1929.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1933, o município de São Francisco de Paula é constituído de 5 distritos: Trajano de Moraes, Visconde de Imbé, Doutor Elias, Ponte da Grama e Sodrelândia.
Em divisões territoriais datadas de 31-XII-1936 e 31-XII-1937, o município de São Francisco de Paula aparece constituído de 6 distritos: Trajano de Moraes, Doutor Elias, Monte Café, Ponte da Grama, Sodrelândia e Visconde Imbé.
Pelo Decreto-lei Estadual n.º 392-A, de 31-03-1938, o município de São Francisco de Paula passou a denominar-se Trajano de Moraes.
No quadro fixado para vigorar no período 1939-1943, o município já denominado Trajano de Moraes é constituído de 6 distritos: Trajano de Moraes, Doutor Elias, Monte Café, Ponte de Grama, Sodrelândia e Visconde de Imbé.
Pelo Decreto-lei Estadual n.º 1.056, de 31-12-1943, é extinto o distrito de Monte Café, sendo seu território anexado ao distrito de Doutor Elias.
Em divisão territorial datada de 15-VII-1950, o município é constituído de 5 distritos: Trajano de Moraes, Doutor Elias, Ponte da Grama, Sodrelândia e Visconde de Imbé.
Pela Lei Estadual n.º 3.458, de 13-11-1957, o distrito Ponte da Grama passou a denominar-se Vila da Grama.
Em divisão territorial datada de I-VII-1960, o município é constituído de 5 distritos: Trajano de Moraes, Doutor Elias, Sodrelândia, Vila da Grama ex-Ponte da Grama e Visconde de Imbé.
Em Síntese de 31-XII-1994, o município de Trajano de Moraes é constituído de 5 distritos: Trajano de Moraes, Dr. Elias, Sodrelândia, Vila da Grama e Visconde de Imbé.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2007.