Do ponto de vista do povoamento, destacam-se algumas fases que foram imprimindo a este território uma identidade. A primeira delas é a fase de ocupação significativamente esparsa feita pelos índios da região. Atesta esta informação a descoberta de sítios arqueológicos (a respeito disto temos uma publicação “O Homem Pré-Histórico no Litoral Norte do Rio Grande do Sul” de Jussara L. Becker ) e também o testemunho gravado na memória oral desde os primeiros grupos de colonizadores (um caso mais específico nos relatos de José Inácio Schaeffer – Três Cachoeiras: breve relato...).
Uma segunda fase inicia-se no século XVIII quando alguns bandeirantes desbravaram esta região em busca de ouro e índios para comercializá-los como escravos. Mais tarde teria virado rota de tropeiros. Segundo a tradição, é deste período a origem de uma referência geográfica identificando uma sequência de Três Cachoeiras. Também neste século uma série de incursões se deram dentro do processo de colonização açoriana que tinha dois pontos estratégicos no sul: um na costa de Santa Catarina, entre Florianópolis e Laguna e outro na costa do Rio Grande do Sul, iniciando pela cidade Rio Grande e espraiando-se pela Lagoa dos Patos. No caminho entre estes dois pólos de colonização portuguesa houve uma distribuição de terras destinada a algumas famílias portuguesas em forma de sesmaria (conforme o historiador Ruy Ruben Ruschel). Mas este empreendimento não vingou como fundamento de um processo de colonização embora tenha deixado alguns traços e permitido o ingresso de algumas famílias.
Uma terceira fase é identificada no século XIX quando inicia-se um processo de colonização com famílias de origem alemã distribuídas em dois núcleos: um ao longo do Rio Mampituba, tendo depois se deslocado para o povoado de Colônia São Pedro e outro ao longo do Rio Três Forquilhas. O território que hoje compreende o município de Três Cachoeiras era então uma espécie de divisor de águas entre estes dois núcleos que tinham na tradição religiosa seu diferencial: em Três Forquilhas e Itati a predominância evangélico luterana e Colônia São Pedro com a tradição católico romana.
Neste vácuo de espaço entre os dois focos de colonização processa-se uma quarta fase com a chegada de um pequeno núcleo de famílias de origem italiana. Ocuparam a região do Morro Azul e aí desenvolveram um núcleo de colonização.
No início do século XX algumas vilas foram se formando. Onde hoje está a sede do município um pequeno povoamento foi tomando forma. Na década de 1920 foi construída uma primeira capela religiosa, símbolo do estabelecimento social de um grupo que passou a se identificar com o local. Na localidade do Morro Azul também se fortalecia um grupo com pontos de comércios e o estabelecimento de uma sede paroquial.
Um fator novo, responsável pelo desenvolvimento histórico do local, foi o início da rodovia BR 101 ainda na década de 1950.

Distrito criado com a denominação de Três Cachoeiras (ex-povoado), pela Lei Municipal n.º 452, de 09-07-1956, com terras desmembradas do distrito de Guananazes, subordinado ao município de Torres.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1960, o distrito de Três Cachoeiras figura no município de Torres.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 1-VII-1983.
Elevado à categoria de município com a denominação de Três Cachoeiras, pela Lei Estadual n.º 8.578, de 29-04-1988, alterada em seus limites pela Lei Estadual n.º 9.033, de 08-02-1990, desmembrado do município de Torres. Sede no antigo distrito de Três Cachoeiras. Constituído do distrito sede. Instalado em 01-01-1989.
Em divisão territorial datada de 1991, o município é constituído é constituído do distrito sede.
Pela Lei n.º 365, de 19-10-1994, foram criados os distritos de Rio do Terra e Vila Fernando Ferrari e anexados ao município de Três Cachoeiras.
Em divisão territorial datada de 1991, o município é constituído de 3 distritos: Três Cachoeiras, Rio do Terra e Vila Fernando Ferrari.
Pela Lei n.º 552, de 09-09-1998, Três Cachoeiras adquiriu do município de Torres o distrito de Morro Azul.
Em divisão territorial datada de 2001, o município é constituído de 4 distritos: Três Cachoeiras Morro Azul, Rio do Terra e Vila Fernando Ferrari.
Assim permanecendo em divisão territorial datada 2009.