A história de Três Lagoas começou em 1829 com a entrada do sertanista Joaquim Francisco Lopes, de acordo com relatos no Instituto Histórico Brasileiro. Explorações completas foram realizadas na região entre 1830 e 1836. Os primeiros posseiros de terras foram Januário José de Souza, Inácio Furtado, Januário Garcia Leal, Francisco Lopes, Gabriel Lopes, José Lopes e Antonio Gonçalves Barbosa.
A Guerra do Paraguai fez com que os exploradores recuassem após avançarem o Rio Pardono rumo do Vacaria e do Brilhante. O fim do combate os trouxe de volta ao Vacaria.
Em 1885, Protázio Garcia Leal, apossa-se da região do “Piaba”; Nícésio Ferreira de Melo se estabelece no Rio Verde; n Ribeirão do Campo Triste destacou-se Antônio Ferreira Bueno, que batizou o local de Serrinha, onde hoje localiza-se o Distrito de Garcias; Antônio Paulino toma posse em águas do Campo Triste.
Nesta época já havia o destacamento do Governo Imperial em Itapura, às margens do rio Tietê, entretanto,a comunicação com os sertanistas do Mato Grosso era inexistente.
No ano de 1888, o Capitão Joaquim Ribeiro da Silva Peixoto comandava a guarnição de Itapura, composta por 40 homens escolhidos. Um deles, João Elias, iniciou uma investida na Barra do rio Sucuriú, acima da corredeira do Jupiá. Mais tarde, Elias convenceu Protázio Garcia Leal a estabelecer comércio em Itapura.
Já em 1889, o comércio de sal e mercadorias via rio Tietê o fez “descobrir” as três lagoas. Naquela época a venda dos produtos já atraía posseiros e criadores de gado à região. A posse da Fazenda das Alagoas foi então dada a Antônio Trajano dos Santos, que se estabeleceu próximo a maior das três lagoas. O então fazendeiro doa uma parte de suas terras para a formação do “Patrimônio de Santo Antônio das Alagoas”, em homenagem ao santo de sua devoção.
A República contribuiu para que diversas pessoas se estabelecessem às margens dos rios que banham a região, como Sucuriú, Rio Verde, Rio Pardo e Rio Paraná.
Anos depois o Governo do Estado doa 3.600 hectares de terra, anexados à Fazenda das Alagoas e o povoado recebe o nome de “Vila de Três Lagoas”. Em 1915 o território é separado política e administrativamente de Santana de Paranaíba, atual município de Paranaíba, e surge a cidade de Três Lagoas.

Distrito criado com a denominação de Três Lagoas, pela Lei Estadual n.º 656, de 12-06-1914, subordinado ao município de Santana do Paranaíba.
Elevado à categoria de vila com a denominação de Três Lagoas, pela Lei Estadual n.º 706, de 15-06-1915, sendo desmembrado do município Santana do Paranaíba. Constituído do distrito sede. Instalado em 08-08-1915.
Elevado à condição de cidade e sede do município com a denominação de Três Lagoas, pela Resolução Estadual n.º 820, de 19-10-1920.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1933 o município é constituído do distrito sede.
Em divisões territoriais datadas de 31-XII-1936, o município aparece constituído de 6 distritos: Três Lagoas, Água Clara, Alto Sucuriú, Chavantina, Véstia, Vila dos Garcias. Assim permanecendo no quadro fixado para vigorar no período de 1939 a 1943.
Pelo Decreto-lei Federal n.º 2.104, de 02-04-1940, o distrito de Vila dos Garcias passou a denominar-se simplesmente Garcias.
No quadro fixado para vigorar no período de 1944 a 1948, o distrito aparece grafado Xavantina e permanece no município de Três Lagoas.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1950, o município é constituído de 6 distritos: Três Lagoas, Água Clara, Alto Sucuriú,Garcias, Xavantina e Véstia.
A Lei Estadual n.º 676, de 11-12-1953, desmembra do município de Três Lagoas os distritos de Água Clara e Alto Sucuriú, para constituírem o novo município de Água Clara.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1955 o município é constituído de 4 distritos: Três Lagoas, Garcias, Xavantina e Véstia. Assim permanecendo em divisão territorial datada de 1-VII-1960.
Pela Lei Estadual n.º 1.970, de 14-11-1963, o distrito de Xavantina foi transferido do município de Três Lagoas para o novo município de Brasilândia.
Pela Lei Estadual n.º 2.067, de 14-12-1963, é criado o distrito de Arapuá e anexado ao município de Três Lagoas.
Pela Lei Estadual n.º 2.112, de 26-12-1963, é criado o distrito de Ilha Comprida e anexado ao município de Três Lagoas.
Pela Lei Estadual n.º 1.307, de 28-11-1959, o distrito de Véstia tomou a denominação de Guadalupe do Alto Paraná.
Em divisão territorial datada de 31-VII-1968, o município é constituído de 5 distritos: Três Lagoas, Arapuá, Garcias, Guadalupe do Alto Paraná e Ilha Comprida.
Pela Lei Estadual n.º 3.737, de 04-06-1976, é criado o distrito de Selvíria, com território do extinto distrito de Guadalupe do Alto Paraná, e anexado ao município de Três Lagoas.
Em divisão territorial datada de 1-I-1979 o município é constituído de 5 distritos: Três Lagoas, Arapuá, Garcias, Ilha Comprida e Silvíria.
Pela Lei Estadual n.º 79, de 12-05-1980, é desmembrado do município de Três Lagoas o distrito de Silvíria. Elevado à categoria de município.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1983 o município é constituído de 4 distritos: Três Lagoas, Arapuá, Garcias e Ilha Comprida.
É criado o distrito de Guadalupe do Alto Paraná e anexado ao município de Três Lagoas.
Em divisão territorial datada de 1988, o município é constituído de 5 distritos: Três Lagoas, Arapuá, Garcias, Guadalupe do Alto Paraná e Ilha Comprida. Assim permanecendo em divisão territorial datada 2014.