O atual Município de Ubajara era habitado primitivamente pelos índios tabajaras. A primeira penetração foi feita por volta de 1604, por Pero Coelho de Souza, que tentou conquistar as terras férteis da serra de Ibiapaba. Auxiliado pelos jesuítas Francisco Pinto e Luís Figueira, promoveu ele a pacificação dos índios e o desenvolvimento das aldeias que começavam a proliferar às margens do arroio Árabê. A obra dos jesuítas foi interrompida, no entanto, com o trucidamento do padre Francisco Pinto, pelos índios tocarijus, durante uma cerimônia religiosa, no dia 11 de janeiro de 1608, no local onde hoje se ergue a cidade de Ubajara.
Em 1877, acossadas pela seca e pela falta de viveres, as famílias de Bartolomeu Fernandes do Rego, Manuel Luis Pereira, Manuel Soares e Silva e Francisco Soares e Silva emigraram das zonas atingidas, instalando-se nos sítios Buriti, Pitanga e Pavuna. Quando a grande seca as atingiu, deslocaram-se para o lado sul de uma lagoa, denominada lagoa do jacaré, ali organizando um arruado que se chamou Jacaré, primitivo nome do Município. O núcleo foi se desenvolvendo, até que, em 1884, um incêndio o destruiu, obrigando os moradores a passarem para terras do lado oposto da lagoa. Em poucos meses reconstruíram o povoado.
Em 1886 foi erguida a capela em honra de São José, em terras doadas pelos beneméritos cidadãos José Rufino Pereira, José Lopes Freire e Joaquim Mulato, em 26 de Janeiro de 1883. A capela de São José foi sagrada no ano seguinte pelo primeiro vigário, Padre Manoel Lima de Araújo, da freguesia de São Pedro de Ibiapina, a cuja jurisdição pertenceu durante muitos anos. O distrito de paz foi criado em 1890, com a denominação de Vila de Jacaré.
Em 1915, por força da Lei 1.279, de 24 de Agosto, da Assembléia Legislativa do Estado do Ceará, conseguiu o Município autonomia administrativa, passando a denominar - se Ubajara.

Distrito criado com a denominação de Jacaré, por Ato de 12-02-1890, subordinado ao município de Ibiapina.
Elevado à categoria de município com denominação de Ubajara, pela Lei Estadual n.º 1.279, de 24-08-1915, desmembrado de Ibiapina. Sede na povoação de Jacaré. Constituído do distrito sede. Instalado em 31-12-1915.
Nos quadros de apuração do Recenseamento Geral de 1-IX-1920, o município é constituído de 2 distritos: Ubajara e Araticum. Desmembrado de Ibiapina.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1933, o município aparece é constituído de 3 distritos: Ubajara, Araticum e Trapiá.
Assim permanecendo em divisões territoriais datadas de 31-XII-1936 e 31-XII-1937, o município é constituído de 2 distritos: Ubajara e Araticum. Não figurando o distrito de Trapiá.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de1-VII-1950.
Pela Lei Estadual n.º 1.153, de 22-11-151, é criado o distrito de Jaburuna ex-povoado e anexado de Ubajara.
Em divisão territorial datada de 31-XII-1960, o município é constituído de 3 distritos: Ubajara, Araticum e Jaburuna.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 1991.
Pela Lei Municípal n.º 481, de 22-04-1994, é criado o distrito de Nova Veneza (ex-povoado) e anexado ao município de Ubajara.
Em divisão territorial datada de 1995, o município é constituído de 4 distritos: Ubajara, Araticum, Jaburuna e Nova Veneza.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2007.