Ubatuba, muito conhecida por suas belezas naturais, também foi palco de momentos marcantes da história brasileira. Os índios Tupinambás foram os primeiros habitantes da região de Ubatuba.
Eram excelentes canoeiros e viviam em paz com os índios do planalto até a chegada dos portugueses e franceses, que tentaram dominá-los, com o intuito de assegurar a posse da terra.
Os Tupinambás e Tupiniquins se organizaram formando a 'Confederação dos Tamoios' e passaram a enfrentar os portugueses. Os padres jesuítas José de Anchieta e Manoel da Nóbrega chegaram à região com a missão de pacificá-los. Na ocasião, Anchieta tornou-se prisioneiro dos mesmos, permanecendo aqui por quatro meses.
Enquanto isso, o padre Manoel da Nóbrega voltava a São Vicente para finalizar o tratado denominado 'Paz de Iperoig', que seria firmado em 14 de setembro de 1563. Foi nessa época que Anchieta escreveu o Poema à Virgem na praia de Iperoig, constituído de 5.732 versos.
Passados alguns anos, o governador-geral do Rio de Janeiro, Salvador Corrêa de Sá e Benevides, tornou providências para colonizar a região, tendo enviado os primeiros moradores para garantir a posse da terra para a Coroa Portuguesa. O povoado conseguiu sua emancipação político-administrativa e foi elevado à categoria de vila em 28/10/1637, com o nome de Vila Nova da Exaltação da Santa Cruz do Salvador de Ubatuba, tendo como fundador Jordão Albernaz Homem da Costa.
Os povoadores se instalaram ao longo da costa, utilizando o mar como meio de transporte. Todavia, com o surgimento da economia do ouro, a região do Litoral Norte se transformou em produtora de aguardente e açúcar para o abastecimento das áreas de Minas Gerais que experimentava um novo surto de progresso. O povoado de Ubatuba deixou de ter apenas a agricultura de subsistência, passando a uma agricultura comercial que incluía, além da aguardente e açúcar, fumo, anil e produção de peixe salgado.

Distrito criado com a denominação de Vila Nova da Exaltação da Santa Cruz do Salvador de Ubatuba, em 1557.
Elevado à categoria com a denominação de Vila Nova da Exaltação da Santa Cruz do Salvador de Ubatuba, por Provisão de 28-10-1637. Constituído do distrito sede. Instalado em 28-10-1635.
Elevado à condição de cidade com a denominação de Ubatuba pela Lei Provincial n.º 5, de 13-03-1855.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1911 o município é constituído do distrito sede. Assim permanecendo em divisões territoriais datadas de 31-XII-1936 e 31-XII-1937.
Pelo Decreto-lei Estadual n.º 14.334, de 30-11-1944, é criado o distrito de Picinguaba e anexado ao município de Ubatuba.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1950 o município é constituído de 2 distritos: Ubatuba e Picinguaba.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1960 o município permanece constituído de 2 distritos: Ubatuba e Picinguaba. Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2015.