Há registros de que a história de Valparaíso de Goiás remonta a 1959, com a implantação do primeiro loteamento, denominado Parque São Bernardo, que surgiu em decorrência da construção de Brasília. Hoje, São Bernardo é um dos bairros da cidade.
Na ocasião, a região recebeu grande número de migrantes. O nome da cidade seria uma homenagem a um desses migrantes, um engenheiro civil natural de Valparaiso (Chile), que veio para o Brasil e foi o responsável pelo primeiro projeto habitacional da cidade.
A história do município começou em 19 de abril de 1979, quando o prefeito de Luziânia, Walter José Rodrigues, inaugurou o pequeno Núcleo Habitacional Valparaíso I. Em solenidade oficial, foi empossado na ocasião o primeiro administrador regional da localidade, Clóvis José Rizzo Esselin de Oliveira Almeida.
Na época, o mais novo Núcleo Habitacional de Luziânia contava com apenas 864 casas, uma escola estadual e o prédio da administração regional. O Núcleo Residencial, construído pela Encol começou com muitos problemas: não havia comércio, a falta de água era frequente e só havia transporte coletivo na BR-040.
No dia 2 de maio de 1980, por meio do Decreto-Lei nº 972, ficou instituído e oficializado o dia 19 de abril para comemorar o aniversário da fundação do Núcleo Habitacional Valparaíso, que já contava então com um posto telefônico, uma agência de Correios e Telégrafos, um escritório de contabilidade e onze lojas comerciais. Na área educacional, a cidade contava com uma escola estadual, que atendia aos alunos do então chamado primeiro grau (hoje ensino fundamental), e duas escolas particulares, que já se encontram extintas.
Hoje, Valparaíso é uma cidade peculiar: situada em Goiás, tem uma população permeada pela migração, de mente cosmopolita, dada a estreiteza da relação com a capital federal.

Elevado à categoria de município com a denominação de Valparaíso de Goiás, pela Lei estadual nº 12.667, de 18-07-1995, sendo desmembrado de Luziânia. Sede no atual distrito de Valparaíso de Goiás e constituído do distrito sede. Instalado em 01-01-1997.
Em divisão territorial datada de 15-VII-1997, o município é constituído do distrito sede.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2014.