Contam os mais antigos moradores de Várzea Alegre, que os primeiros exploradores chegaram a estas terras pelas caminhadas que faziam em direção ao Cariri, tendo como referência o município do Crato. Esses viajantes batizaram o lugar com o nome de Várzea Alegre.
No tocante ao religioso, a paróquia do município foi criada no dia 30 de novembro de 1863, tendo como padroeiro São Raimundo Nonato, sendo seu primeiro vigário o padre Benedito de Sousa Rêgo.
O seu patrimônio constava de 400 braças de terra em quadrado, doadas em 19 de outubro, pelo Major Joaquim Alves Bezerra, pela sua mulher e por outros irmãos.
Segundo a tradição, a primeira Igreja de São Raimundo Nonato foi construída pelos filhos de Raimundo Duarte Bezerra, figura que ficou conhecida como “Papai Raimundo”, o patriarca do município.
O nome de Várzea Alegre deve-se à planície ou várzea, onde está situada a cidade.

Distrito criado com a denominação de Várzea Alegre pela Lei Provincial n.º 1.076, de 30-11-1863.
Elevado à categoria de vila com denominação de Várzea Alegre pela Lei Provincial n.º 1.329, de 10-10-1870, desmembrado de Lavras. Sede no núcleo de Várzea Alegre. Constituído do distrito sede. Instalado em 02-03-1872.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1911, o município é constituído do distrito sede.
Nos quadros de apuração do Recenseamento Geral de 1-IX-1920, o município aparece constituído de 2 distritos: Várzea Alegre e Jacu.
Pelo Decreto Estadual n.º 193, de 20-05-1931, a vila é extinta sendo seu território anexado ao município de Cedro.
Pelo Decreto Estadual n.º 1.156, de 04-12-1933, é recriado o município com a denominação de Várzea Alegre, desmembrado de Cedro.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1933, o município aparece constituído de 3 distritos: Várzea Alegre, Riacho Verde e São Caetano.
Em divisões territoriais datadas de 31-XII-1936 e 31-XII-1937, o município aparece constituído de 5 distritos: Várzea Alegre, Extrema, Riacho Verde, São Caetano e Fortuna.
Pelo Decreto Estadual n.º 448, de 20-12-1938, o distrito de Vacaria passou a denominar-se Fortuna.
No quadro fixado para vigorar no período de 1939-1943, o município é constituído de 5 distritos: Várzea Alegre, Extrema, Fortuna (ex-Vacaria), Riacho Verde e São Caetano.
Pelo Decreto Estadual n.º 1.114, de 30-12-1943, o distrito de Extrema passou a denominar-se Calabaça, Fortuna a denominar-se Ibicatu e São Caetano a denominar-se Naraniú.
No quadro fixado para vigorar no período de 1944-1948, o município constituído de 5 distritos: Várzea Alegre, Calabaça (ex-Extrema), Ibicatu (ex-Fortuna), Maraniú (ex-São Caetano) e Riacho Verde.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 1-VII-1950.
Pela Lei Estadual n.º 1.153, de 22-11-1951, é criado o distrito de Canindezinho (ex-povoado), desmembrado de terras do distrito de Naraniú e anexado ao município de Várzea Alegre.
Em divisão territorial datada de 31-VII-1955, o município é constituído de 6 distritos: Várzea Alegre, Calabaça, Canindezinho, Ibicatu, Naraniú e Riacho Verde.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 1-VII-1960
Pela Lei Estadual n.º 6.952, de 19-12-1963, é desmembrado do município de Várzea Alegre o distrito de Calabaça. Elevado à categoria de município com a denominação de Francisco Salviano.
Em divisão territorial datada de 31-XII-1963, o município é constituído de 5 distritos: Várzea Alegre, Canindezinho, Ibicatu, Naraniú e Riacho Verde.
Pela Lei Estadual n.º 8.339, de 14-12-1965, o município de Várzea Alegre adquiriu o extinto município de Calabaça (ex-São Francisco Salviano), como simples distrito.
Em divisão territorial datada de 31-XII-1968, o município é constituído de 6 distritos: Várzea Alegre, Calabaça, Canindezinho, Ibicatu, Naraniú e Riacho Verde.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2017.