Na época do descobrimento do Brasil, o território onde hoje é o município de Venâncio Aires era habitado por índios, que costumavam se localizar nos vales dos rios e arroios. No século XVIII, as autoridades portuguesas estimularam o povoamento do solo do Rio Grande do Sul, concedendo sesmarias aos colonizadores.
Os primeiros ocupantes da região foram luso-brasileiros e seus escravos e agregados, que desenvolviam atividades como a pecuária extensiva, o extrativismo de madeira e erva-mate e o plantio para consumo próprio. Eles se localizaram nos vales do Rio Taquari e seus afluentes, arroios Sampaio, Castelhano e Taquari-Mirim.
A partir de 1853, alguns donos de sesmarias passaram a lotear as terras, transformando-as em colônias exploradas por imigrantes e descendentes de alemães. Estabelecidos preferencialmente no vale do arroio Sampaio, eles se dedicavam à agricultura e foram responsáveis pela criação de sociedades que existem ainda hoje como espaço de integração, entretenimento, cultura e lazer nas colônias. Os italianos, embora menos numerosos que os portugueses e alemães, também se fixaram no município. De 1809 até a emancipação, a área onde está o município pertenceu a Rio Pardo, Triunfo, Taquari e, finalmente, Santo Amaro – hoje distrito de General Câmara.
Inicialmente conhecida como Faxinal dos Tamancos, depois Faxinal dos Fagundes e Freguesia de São Sebastião Mártir, a localidade foi elevada à categoria de vila em 30 de abril de 1891, já com o nome de Venâncio Aires. O nome foi dado pelos republicanos rio-grandenses em homenagem ao advogado abolicionista e precursor das ideias republicanas Venâncio de Oliveira Ayres, nascido em Itapetininga, São Paulo, e radicado no Rio Grande do Sul.

Distrito criado com a denominação de Venâncio Aires por Lei Provincial n.º 1.438, de 08-04-1884, subordinado ao município de Santo Amaro.
Elevado à categoria de vila com a denominação de Venâncio Aires pelo Ato Estadual n.º 371, de 30-04-1891, desmembrado de Santo Amaro. Sede na povoação de São Sebastião dos Mártires. Constituído do distrito sede. Instalado em 11-05-1891.
Por Ato Municipal n.º 1-A, de 28-10-1897, é criado o distrito de Estância Mariante e anexado ao município de Venâncio Aires.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1911 o município é constituído de 2 distritos: Venâncio Aires e Estância Mariante.
Por Ato Municipal n.º 117, de 14-02-1925, é criado o distrito de Logar Alto da Légua e anexado ao município de Venâncio Aires.
Por Ato Municipal n.º 26, de 30-12-1930, o distrito de Logar Alto da Légua passou a denominar-se João Pessoa.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1933 o município é constituído de 3 distritos: Venâncio Aires, Estância Mariante e João Pessoa.
Assim permanecendo em divisões territoriais datadas de 31-XII-1936 e 31-XII-1937. Pelo Decreto Estadual n.º 7.199, de 31-03-1938, o distrito de João Pessoa tomou o nome de Deodoro e Estância Mariante passou a denominar-se simplesmente Mariante.
No quadro fixado para vigorar no período de 1939-1943, o município é constituído de 3 distritos: Venâncio Aires, Deodoro ((ex-João Pessoa) e Mariante (ex-Estância Mariante).
Em divisão territorial datada de 1-VII-1950 o município é constituído de 3 distritos: Venâncio Aires, Deodoro e Mariante.
Pela Lei Municipal n.º 311, de 10-03-1957, é criado o distrito de Mato Leitão e anexado ao município de Venâncio Aires.
Pela Lei Municipal n.º 348, de 18-11-1958, é criado o distrito de Centro Linha Brasil e anexado ao município de Venâncio Aires.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1960, o município é constituído de 5 distritos: Venâncio Aires, Centro Linha Brasil, Deodoro , Mariante e Mato Leitão.
A Lei Estadual n.º 9.607, de 20-03-1992, desmembra do município de Venâncio Aires o distrito de Mato Leitão, elevado à categoria de município.
Pela Lei Municipal n.º 1.804, foram criados os distritos de Arlindo, Palanque e Santa Emília e anexados ao município de Venâncio Aires.
Em divisão territorial datada de 1993 o município é constituído de 7 distritos: Venâncio Aires, Arlindo, Centro Linha Brasil, Deodoro, Mariante, Palanque e Santa Emília.
Pela Lei Municipal n.º 1.963, de 17-10-1995, é criado o distrito de Vale do Sampaio e anexado ao município de Venâncio Aires.
Pela Lei Municipal n.º 2.168, de 17-09-1996, é criado o distrito de Estância Nova e anexado ao município de Venâncio Aires.
Em divisão territorial datada de 2001 o município é constituído de 9 distritos: Venâncio Aires, Arlindo, Centro Linha Brasil, Deodoro, Estância Nova, Mariante, Palanque, Santa Emília e Vale do Sampaio. Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2014.