O território hoje pertencente ao município era habitado originalmente pelos índios goitacás e tupiniquins. Sua história remonta ao segundo quartel do século XVI, quando Fernandes Coutinho, em 1534, se o tornou donatário de uma das capitanias de terra brasileira.
Embarcou na caravela 'Glória', com cerca de sessenta pessoas, tendo por companheiros os fidalgos Simão de Castelo Branco e Jorge de Menezes.
Em 23-05-1535, a nau ancorou numa enseada entre o morro Moreno ou João Moreno e a Ponta do Tubarão ou Piraém, no local posteriormente conhecido como Prainha de Vila Velha. Deram à terra a denominação de Espírito Santo, pois era o dia de Pentecostes.
Iniciado o povoamento surgiram as primeiras construções culturais, quatro engenhos de açúcar e um forte em Piratininga, onde hoje se encontra o quartel do 3º Batalhão de Caçadores. Tempos depois, a praça de guerra foi reconstruída, recebendo o nome de São Francisco Xavier.
Há controvérsias em torno das viagens de Fernandes Coutinho à Metrópole. Em 1549, de regresso ao Brasil, encontrou a Capitania em completo desmando; os tupiniquins, aliados aos goitacás haviam entrado em luta contra os povoadores, queimando engenhos e fazendas e matando Jorge Menezes e seu substituto, Simão Castelo Branco.
Em busca de refúgio, alguns colonizadores mudaram-se para a ilha de Duarte Lemos e para as capitanias vizinhas.
Na ilha, a povoação passou a ser chamada de Vila Nova, ao passo que no continente, no correr dos tempos, o núcleo primitivo se tornava conhecido como Vila Velha.
Os goitacás tornaram a atacar. Em 1551, em face das inúmeras dificuldades, o donatário transferiu a sede do governo para a ilha de Vitória, que recebeu o nome de Vila Nova do Espírito Santo, mais tarde de Nossa Senhora da Vitória.

Freguesia criada com a denominação de Vila Velha, em 1750.
Elevada à categoria de vila com a denominação de Vila Velha pela Lei Estadual n.º 212, de 30-11-1896. Constituído do distrito sede.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1911, o município é constituído de distrito sede.
Pelo Decreto Estadual n.º 1.102, de 27-04-1931, foi extinto o município de Vila Velha, sendo seu território anexado ao município de Vitória, voltando a condição de distrito.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1933, o distrito de Vila Velha figura no município de Vitória.
Pelo Decreto n.º 5.041, de 11-07-1934, o município foi restabelecido com a denominação de Espírito Santo.
Pelo decreto-lei Estadual n.º 15.177, de 31-12-1943, o município de Espírito Santo, foi extinto, sendo seu território rebaixado a condição de distrito e passou a denominar-se Espírito Santo de Vitória. Sob o mesmo decreto adquiriu os distritos de Argolas e Jucu do extinto município do Espírito Santo.
Por ato das disposições transitórias, promulgadas de 26-07-1947, o município de Espírito Santo é restabelecido.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1955, o município é constituído de 3 distritos: