O bandeirante Jerônimo Pedroso de Barros, em 1641, segundo documentos jesuítas, foi o primeiro branco civilizado a pisar em terras de mata virgem do Oeste Catarinense a procura de índios para escravizar. Por volta de 1839, um grupo de fazendeiros brasileiros vindos de Guarapuava e Palmeira, então província de São Pedro, resolveu explorar os sertões do sul, motivados pelas notícias de grandes extensões de terras. Na expedição fez parte um jovem de Minas Gerais, chamado José Raimundo Fortes, que mais tarde obteve a concessão de uma grande área de terras chamada Campina do Gregório, onde se localiza hoje o centro de Chapecó.
O jovem tornou-se um dos primeiros moradores do Oeste de Santa Catarina e formou família com Ana Maria de Jesus. Pelo decreto nº 2.502 de 16 de novembro de 1859, foram criadas duas Colônias Militares, a de Chapecó e Chopin. Porém, a instalação destas colônias só ocorreu bem mais tarde porque o governo argentino reclamou contra a criação das colônias militares, alegando que as terras estavam em litígio, seguindo-se daí uma série de explicações e trocas de notas diplomáticas.
Algum tempo depois foi nomeado o primeiro diretor da Colônia Militar de Xanxerê por um período de 17 anos, o Capitão José Bernardino Bormann com a tarefa de executar a fundação da Colônia Militar de Chapecó (Xanxerê) em 1880 e sua instalação em 14 de março de 1882. José Bernardino Bormann faleceu no Rio de Janeiro, no posto de Marechal. Após este período a Colônia Militar decaiu, e no ano de 1890, a de Xanxerê passou a pertencer a Palmas (PR) cujo local onde estava inserida recebeu a denominação de Distrito de Generozópolis.
Sem outra possibilidade de solução, Santa Catarina, por seu representante, propôs contra o Paraná uma ação perante o Supremo Tribunal Federal, e obteve sentença favorável. Na eminência de execução de sentença, surgiram ameaças de resistência pela força. Em 1916, houve a intervenção amistosa do Presidente da República Wenceslau Braz, que perante os governadores, General Felipe Schimidt, de Santa Catarina e o Coronel Carlos Cavalcanti, do Paraná, resolvendo a questão de limites por acordo entre Santa Catarina e Paraná. Pela Lei Estadual nº 1147 de 24 de agosto de 1917, Santa Catarina é dividida em novos municípios, entre os quais, Chapecó.
Os índios Kaingang e Guaranis foram os primeiros habitantes do Oeste Catarinense, isto aproximadamente no ano de 1800. Depois vieram os portugueses, sírios, turcos, alemães, libaneses, poloneses, italianos e outros.

Elevado à categoria de vila com a denominação de Xanxerê, pela Lei Municipal n.º 2, de 22-12-1917, desmembrado de Chapecó. Instalado em 27-02-1918.
Elevado à categoria de sede e cidade como a mesma denominação, pela Lei Estadual n.º 1.260, de 05-09-1919.
Pela Lei Municipal de 10-03-1923, o município de Xanxerê passou a denominar-se Rui Barbosa.
Pela Lei Estadual n.º 1.645, de 03-10-1929, o município é a sede e voltou a denominar-se Xanxerê.
Pela Lei Estadual n.º 100 de 09-04-1931, o município de Xanxerê foi extinto, sendo seu território anexado ao município de Chapecó.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1933, Xanxerê figura como distrito do município de Chapecó.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 1-VII-1950.
Elevado à categoria de município com a denominação de Xanxerê, pela Lei Estadual n.º 133, de 30-12-1953, é desmembrado de Chapecó, sede no antigo distrito de Xanxerê. Constituído de 3 distritos: Xanxerê, Abelardo Luz e Faxinal dos Guedes desmembrado de Chapecó. Instalado em 27-02-1954.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1955, o município é constituído de 3 distritos: Xanxerê, Abelardo Luz e Faxinal dos Guedes.
Pela Lei Estadual n.º 348, de 21-06-1958, desmembra do município de Xanxerê os distritos de Abelardo Luz e Faxinal dos Guedes. Elevado à categoria de município.
Pela Lei Municipal n.º 9, de 07-03-1957, é criado o distrito de Bom Jesus e anexado ao município de Xanxerê.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1960, o município é constituído de 2 distritos: Xanxerê e Bom Jesus.
Pela Lei Estadual n.º 1.041, de 09-05-1966, é criado o distrito de Cambuinzal e anexado ao município de Xanxerê.
Em divisão territorial datada de 1-I-1979, o município constituído de 3 distritos: Xanxerê, Bom Jesus e Cambuinzal.
Pela Lei Estadual de n.º 9.891, de 19-07-1995, é desmembrado do município de Xanxerê o distrito de Bom Jesus. Elevado à categoria de município.
Em divisão territorial datada de 15-VII-1997, o município é constituído de 2 distritos: Xanxerê e Cambuinzal.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2020.