O povoado surgiu logo depois de Volta da Empreza (Rio Branco), no ano de 1883, em um local estratégico na confluência do rio Xapuri com o rio Acre.
A localidade tornou-se um dos principais entrepostos comerciais do Acre no Ciclo da Borracha.
Durante o período da Revolução Acreana, Xapuri foi ocupada por autoridades bolivianas que passaram a chamá-la de Mariscal Sucre. Em 6 de agosto de 1903, as tropas do Coronel Plácido de Castro tomaram o povoado marcando o início da última vitoriosa etapa da Revolução Acreana, que culminou com a Anexação do Acre ao Brasil.
Seu nome deriva da tribo indígena dos Xapurys.
Na década de 1980 a cidade também foi palco do movimento de resistência dos seringueiros em defesa dos seringais nativos da região. O principal líder desse movimento, cuja luta culminou na criação das reservas extrativistas, foi o sindicalista xapuriense Chico Mendes.

Elevado à categoria de vila com a denominação de Xapuri ex-Mariscal Sucre, pelo Decreto do Prefeito n.º 3, de 22-08-1904, desmembrado do antigo departamento do Alto Acre.
Elevado à categoria de cidade em 1905.
Pela Resolução n.º 26, de 09-05-1908, são criados os distritos de Alto Xapuri, Iracema e Porvir e anexado ao município de Xapuri.
Pela Resolução n.º 15, de 23-02-1910, é criado o distrito de Paraguassu.
Pela Resolução n.º 22, de 09-05-1911, são criados os distritos Montevidéu, Porto Carlos e São Pedro e anexado ao município de Xapuri.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1911, o município é constituído de 5 distritos: Xapuri, Alto Xapuri, Humaitá, Iracema e Porvir.
Elevado à condição de sede municipal com a denominação de Xapuri, pelo Decreto Federal n.º 9.831, de 23-10-1912. Instalado em 01-04-1913.
Em divisões territoriais datadas de 31-XII-1936 e 31-XII-1937, o município aparece constituído de 12 distritos: Xapuri, Albrácia, Alto Xapuri, Fronteira, Humaitá, Iracema, Montevidéu, Paraguassu, Porto Carlos, Provir, São Pedro e Vila Brasíla.
No quadro fixado para vigorar no período de 1939-1943, o município é constituído de distritos: Humaitá e Alto Apuri, Fronteira, menos o distrito de Povir extinto sendo o seu teritório anexado ao distrito sede do município de Xapuri.
Pelo Decreto-Lei Federal n.º 6.163, o distrito de Brasília passou a denominar-se Brasiléia são ex-Trutos os distritos de Paraguaçu Ipacema, São Pedro Montevidéu sendo seu território anexado ao município de Brasiléia ex-Brasilia.
No quadro fixado para vigorar no período de 1944-1948, o distrito de Albrácia.
Pela Resolução n.º 22, de 09-05-1911, foram criados os distritos Montevidéu, Porto Carlos e São Pedro e anexado ao município de Xapuri.
Em divisão territorial datada de 2003, o município é constituído de 4 distritos: Rio Verde, Lagoa Bauzinho, Ouroana e Riverlândia.
Assim permanecendo em divisões territoriais datada de 2007.